حدد بنك القاهرة عددا من التحديات التي تواجه صناعة الدواء في مصر ،التحديات جاءت في اطار دراسة اعدها البنك تناولت جميع جوانب هذه الصناعة. تتمثل هذه التحديات في: ارتفاع مستويات جودة المستحضرات الدوائية عالميا مما يتطلب تكلفة عالية في مجال تطوير خطوط الانتاج ونظم الرقابة واستخدام احدث اجهزة الكشف والتحليل وضرورة تطبيق كل جديد في مجال طرق التصنيع والتحليل والتخزين في مصر. ارتفاع اسعار الواردات من الخامات ومستلزمات الانتاج وبالتالي تكلفة المنتج النهائي بالاضافة لوجود ارتفاعات مستمرة في عناصر التكلفة مما يشكل عبئا اضافيا علي الشركات المنتجة خاصة ان ارتفاع بعض المستحضرات لايتماشي مع زيادة التكلفة. يتعرض قطاع الادوية لمنافسة شرسة علي المستوي الاقليمي خاصة بعد انشاء مشروعات لمصانع ادوية علي مستوي عال في كل من السعودية والامارات العربية باستثمارات يابانية في جدة واستثمارات هندية وامريكية في (الامارات). اتفاقية TRIPS والالتزام بشروط الجات مما ادي الي صعوبة تصنيع اي دواء جديد محليا قبل انقضاء فترة الحماية التي اصبحت عشرين عاما. اتجاه بعض الشركات الاجنبية الي انشاء او امتلاك مصانع قائمة في مصر او السيطرة من بعض عناصر الانتاج. عدم خضوع اختبارات الجودة التي يتم اجراؤها علي الادوية المصرية الجديدة الي معايير دولية ولذلك فمن غير المتوقع ان يتم قبول هذه المنتجات في الاسواق العالمية خاصة المتقدمة منها. تخصيص نسبة ضئيلة جدا (حوالي 2%) من ايرادات شركات الادوية المصرية لانشطة البحوث والتطوير وهي من اهم انشطة شركات الادوية بينما تخصص شركات الادوية في الدول المتقدمة من (12) الي (20%) من ايراداتها لهذا النشاط. لجوء بعض الشركات الي تعظيم ربحيتها عن طريق تخفيض النفقات وليس عن طريق التطوير والابتكار ووسائل رفع الكفاءة مما يؤدي الي انخفاض جودة المنتج النهائي. حاجة بعض الشركات وخاصة شركات قطاع الاعمال العام الي تطوير جذري في خطوط الانتاج وفي ظروف العمل واساليبه وذلك يتطلب توفير استثمارات ضخمة لجلب احدث المعدات التكنولوجية. واشار بنك القاهرة الي عدد من التحديات الاخري ومنها ارتفاع الرسوم الجمركية علي بعض مستلزمات الانتاج مثل المواد الخام ومواد التعبئة والتي تؤدي بدورها الي ارتفاع الاسعار وعدم وجود سياسات تسويقية واضحة للتصدير وعدم وجود ادارات لابحاث التسويق الدولي في اغلب الشركات المنتجة والمصدرة للدواء المصري مما ادي الي وجود مشاكل في تسعير الدواء في الاسواق الخارجية. بالاضافة الي قصور النظام الذي يروج المنتجات الدوائية والمستلزمات الصيدلانية المصرية في الاسواق الخارجية وعدم اهتمام بعض الشركات الدوائية المصرية باقامة مكاتب علمية وابقاء مندوبين دائمين عن الشركات المصرية مما ادي الي عدم قدرة الشركات علي التعامل او التوافق مع آليات الاشتراك في المناقصات الدولية. من جانب اخر اشارت الدراسة الي ان منطقة الشرق الاوسط تعتبر من المناطق الجغرافية التي تشهد نموا سريعا في سوق الدواء فقد بلغ معدل النمو خلال الفترة من 1998 الي عام 2002 حوالي (10،6%) بينما بلغ معدل النمو في افريقيا في النفس الفترة 3،3% وبلغ حجم الدواء في الشرق الاوسط منذ خمس سنوات نحو 5،6 مليار دولار بينما بلغ اجمالي حجم سوق الدواء العالمي 435 مليار دولار عام 2003 ومن المتوقع ان يصل معدل النمو الي 10% ويعد معدلا اعلي من المتوسط العالمي البالغ 6.6% واذا تمت مقارنته بمعدلات النمو في المناطق الاخري مثل امريكا الشمالية 9،8% وشبه القارة الهندية 8،6% وامريكا اللاتينية والكاريبي 8،4%. وقالت ان الاموال المستثمرة في سوق الدواء العربية تقدر ب4 مليارات دولار حيث تعد المنطقة العربية من اكبر عشر اسواق في العالم بمعدل نمو 9% سنويا ويمثل الانتاج المحلي ما يعادل 62% من اجمالي السوق الاقليمية علي الرغم من ان هذا الانتاج يعتمد بدرجة كبيرة علي استيراد المواد الخام وتتفوق لبعض الدول العربية علي مصر في مجال الصناعات الدوائية مثل الاردن والامارات والسعودية بانشاء مصانع دواء في الامارات.