انتقد علماء الأزهر ما أثير من وجود اتفاق سيتم توقيعه قريبا بين الفاتيكان واسرائيل ويسمح للكيان الصهيوني بإضفاء شرعية علي الإجراءات التيپ اتخذها ويتخذها لتهويد القدس . وقال الدكتور الشحات الجندي عضو مجمع البحوث الإسلامية أن الأزهر يربأ بالفاتيكان أن يتورط في هذا الإتفاق المشبوه معتبرا إياه فخا يحاول الكيان الصهيوني جر الفاتيكان وغيره من المؤسسات الدينية المسيحية إليه حتي يستطيع تنفيذ مخططاته لتهويد المقدسات الإسلامية بل والمسيحية أيضا مطالبا العرب والمسلمين بعدم الإنشغال بشئونهم الداخلية وبأحداث الربيع العربي عن القدس والمقدسات الإسلامية. وطالب الجندي الفاتيكان بعدم التوقيع علي تلك الإتفاقية التي ستؤدي في حال إقرارها إلي مزيد من التوتر في العلاقات بين الازهر والفاتيكان ليس هذا فحسب بل إن خروج تلك الإتفاقية إلي النور سيساهم في تشويه صورة الفاتيكان في أعين مليار ونصف المليار مسلم ولابد أن يعي المسئولون الكبار في الفاتيكان أنهم لا يجوز لهم الإعتراف بكيان غاصب علي أنه دولة يهودية لأنهم بذلك يساهمون في وقوع مفسدة كبري فالكيان الصهيوني سيستغل هذا الإعتراف لتهويد المزيد من الأرض المسلمة في فلسطين وسيقابلون أي اعتراض عربي أو إسلامي بمقولة أنهم دولة تم الإعتراف بها علي أنها دولة يهودية من اكبر سلطة مسيحية في العالم پواعتراف الفاتيكان پبهم كدولة يهودية يمنحهم فرصة إعادة حلمهم القديم إلي واجهة المشهد السياسي في المنطقة وهو أمر مرفوض تماما. من جانبه اعتبر الدكتور حسن الشافعي رئيس مجمع اللغة العربية بالقاهرة أن اتفاق الفاتيكان واسرائيل باطل من قبل ان يتم التوقيع عليه وهو اتفاق لن يصب في صالح السلام العالمي مشيرا إلي أن الفاتيكان عليه أن يراجع قراره جيدا في هذا الشان خاصة وأن هذا الإتفاق يعني منح الكيان الصهيوني فرصة السيادة علي القدس كاملة ولا أحد يعرف كيف نسي الفاتيكان الإجراءات الصهيوني المتعسفة ضد كثير من الكنائس والمزارات المسيحية في القدس وهو يوافق علي توقيع تلك الإتفاقية ولهذا فنحن نطالب الأمة الإسلامية - حكومات ومؤسسات وشعوبا - أن تدرك حقيقة أن القدس في خطر وأن سلطات الاحتلال الإسرائيلية تلحقها قسرا وكراهية بلغة غير لغتها بل تجبرها علي لغة لم تكن لغتها في يوم من الايام. وتنفذ مؤامرة لطمس معالمها الحضارية الاسلامية. وتفريغها من أصحابها الأصليين خاصة وإن الإحصاءات الحديثة تؤكد أن سلطات الاحتلال الإسرائيلية أقامت في السنوات القليلة الأخيرة اكثر من مائة ألف وحدة سكنية لليهود في القدس بينما لم يتم إقامة مسكن واحد لعربي أو مسلم. وقال الدكتور سيف عبد الفتاح أستاذ النظرية السياسية بجامعة القاهرة أن اتفاق الفاتيكان واسرائيل غير شرعي علي الإطلاق لأنه اتفاق يقضي بإضفاء شرعية علي مدينة محتلة وهو ما ترفضه والقوانين الدولية وهو ما يعني أن الفاتيكان يورط نفسه في اتفاق باطل من قبل التوقيع عليه ولابد أن تتحرك الدبلوماسية العربية والإسلامية بأقصي سرعة لوقف تنفيذ تلك الإتفاقية.