أوصي المؤتمر الأول للإعجاز العلمي في القرآن الكريم والسنة النبوية بإنشاء وحدات للإعجاز العلمي في القرآن والسنة بكل الجامعات المصرية خاصة الاقليمية مثل جامعة بني سويف لتقدم البرامج التدريبية والمحاضرات وتعقد الندوات بحيث تشمل خدماتها العلمية والتدريبية للمحافظات الموجودة بها وما حولها من المحافظات. قرر الدكتور أمين لطفي رئيس جامعة بني سويف تفعيل هذه التوصية بالإعلان فورا عن انشاء مركز خاص بالإعجاز العلمي بجامعة بني سويف تحت اشراف ودعم الدكتور عبدالله المصلح الأمين العام للهيئة وتنظيم العديد من المسابقات الطلابية في مجال البحث العلمي للقرآن والسنة وهذا المؤتمر يعد رسالة توضح حقيقة واحدة هي ان من خلق الكون هو من أنزل القرآن وبذلك يعتبر المؤتمر جسرا للتواصل العلمي وخدمة للانسانية علي اعتبار ان القرآن يبحث عن الحق ويدعو للابداع والتقدم. أشارت الدكتورة كوثر الأبجي نائب رئيس جامعة بني سويف ومقرر عام المؤتمر إلي انه تمت التوصية أيضا بانشاء مقررات دراسية خاصة بالإعجاز العلمي في القرآن والسنة ليس في الجامعات فقط بل وفي المدارس أيضا باعتبار كذلك متطلبا لطلاب الجامعات للدارسين الذين طالبوا بأن يتم ذلك طبقا لنظام الساعات المعتمدة وبذلك يمكن لطلاب جميع الكليات دراسته والتعرف علي ما تم الوصول اليه من نتائج الأبحاث القيمة في معظم المجالات والحقول الدراسية. أوضحت ان المؤتمر قرر رفع توصية للمجلس الأعلي للجامعات بضرورة استفادة الجامعات المصرية من نتائج الأبحاث العلمية التي ربطت بين القرآن الكريم والسنة النبوية وبين الحقائق العلمية المؤكدة التي ثبتت في شتي العلوم التطبيقية في المقررات الدراسية والبحثية بحيث تضيف هذه النتائج بعدا جديدا يثري الدراسة الأكاديمية لطلاب المرحلة الجامعية الأولي والدراسات العليا حتي يتعرف الدارسون علي قدر التوافق بين الحقائق العلمية التي يدرسونها وما ذكره القرآن الكريم عنها منذ أكثر من أربعة عشر قرنا تصديقا لقوله تعالي "سنريهم آياتنا في الآفاق وفي أنفسهم حتي يتبين لهم انه الحق أو لم يكف بربك انه علي كل شيء شهيد". وأشارت إلي أن المؤتمر أوصي بضرورة زيادة النظر في جوانب الاعجاز التشريعي الذي يثبت عظمة وكمال التشريع الاسلامي في العلوم الاجتماعية وأبرزها ما توثق من أبحاث في الجوانب المالية والاقتصادية وغيرها للاستفادة منها في الكليات النظرية مثل كلية التجارة والاقتصاد وغيرها إلي جانب تأهيل المجتمع للعمل تشريعيا بما ورد من قواعد وأحكام الشريعة الاسلامية. وطالب المشاركون في المؤتمر بالنظر في توثيق الأبحاث المقدمة فيه وغيرها من أبحاث الهيئة لإحاطة سائر الجامعات المصرية بها لتعظيم استفادة الباحثين منها كل في مجال تخصصه ولدعوتهم لمواصلة الاجتهاد والتواصل والاستمرار في المجال لأن فكر الاعجاز العلمي في القرآن والسنة هو تأكيد وبرهان لنظرة الاسلام للعلم والعلماء وبيان قاطع ساطع لتقدير الله لهم. جدير بالذكر ان المؤتمر ناقش العديد من الأبحاث المتنوعة في الطب والصيدلة وعلم الحشرات والعلوم الكونية والفضاء وعلم النبات والعلوم الغذائية والعلوم الهندسية والعمارة وعلم الحيوان والإعجاز التشريعي المالي.