5 فبراير 2011 أقاله الرئيس مبارك من منصبه كأمين عام للحزب الوطني الحاكم علي إثر ثورة 25 يناير وعين بدلاً منه حسام بدراوي الذي استقال لاحقاً. 11 إبريل 2011 أصدر المستشار عاصم الجوهري رئيس جهاز الكسب غير المشروع قراراً بحبس صفوت الشريف 15 يوماً علي ذمة التحقيق بعد تحقيقات استمرت منذ الساعة العاشرة والنصف صباح الاثنين وحتي العاشرة والنصف مساء. باشر التحقيقات مع صفوت الشريف المستشار أحمد طلبة رئيس هيئة الفحص، وقال بيان صادر عن جهاز الكسب غير المشروع إنه وجهت للشريف تهم استغلال النفوذ واستغلال سلطاته ووظيفته في تكوين ثروات ضخمة بما يتنافي مع مصادر الدخل المشروعة له علي نحو يمثل كسباً غير مشروع. 23 إبريل 2012 قضت محكمة جنايات القاهرة، برئاسة المستشار محمد خلف الله، بمعاقبة صفوت الشريف، ونجليه إيهاب »مخلي سبيله» بالسجن 5 سنوات، وأشرف »هارب» 10 سنوات، مع تغريمهم 209 ملايين و78 ألفًا و454 جنيهًا ودفع مثل هذا المبلغ قيمة تربح زوجة الشريف، وألزمتهم بالمصاريف الجنائية، وذلك في اتهامهم بالكسب غير المشروع واستغلال النفوذ في تحقيق ثروات طائلة بطرق غير مشروعة. ديسمبر 2016 قررت محكمة النقض قبول الطعن المقدم من صفوت الشريف، ونجله إيهاب، وإلغاء الحكم الصادر في حقهما بالسجن 5 سنوات في قضية »الكسب غير المشروع»، المتهمين فيها باستغلال النفوذ وتحقيق ثروات طائلة بطرق غير مشروعة، وإعادة محاكمتهما من جديد أمام دائرة مغايرة خلاف الدائرة التي أصدرت الحكم. وقبل بدء الجلسة حضر صفوت الشريف ونجله إيهاب إلي مقر محكمة النقض، وسلّم المتهمان نفسيهما إلي مسئول تنفيذ الأحكام في المحكمة، وحضرا الجلسة وتحفظت المحكمة عليهما في مقر انعقاد الجلسة.