شهدت المرحلة الثانية من الخط الثالث لمترو الانفاق العديد من الأزمات وآخرها الانفجار الذي وقع بالقرب من سور محطة كلية البنات ولكنه لم يؤثر علي العمل داخل المحطة، وقد سبق وواجهت هذه المرحلة العديد من العقبات أبرزها أزمة محطة هارون التي توقف العمل بها 15 يوماً بناء علي طلب شركة الكهرباء بتحويل المرافق لاستكمال الحفر بماكينة إيموحتب المقرر لها الخروج من محطة هارون وتسلم جميع المحطات الخاصة بالمرحلة الثانية وتبقي هارون رهن إشارة خروج إيموحتب، وبعد استكمال كافة الاستعدادات الأخيرة الخاصة باختبارات التشغيل للمرحلة الثانية من الخط الثالث لمترو الأنفاق أخيرا المرحلة الثانية تفتح أبوابها للجمهور. وفي جولة تفقدية لعدسة «آخر ساعة» داخل محطات المرحلة الثانية من الخط الثالث وعندما وصل الفريق إلي محطة كلية البنات كان عليه أن يتوقف ليري ماكينة الحفر إيموحتب وهي تنتظر إشارة الخروج من محطة هارون فلم تكن هذه المحطة في الحسبان ولذلك سيتم تسليم المرحلة بأكملها بخلاف هارون تظل رهن إشارة إيموحتب. وعن الأزمات التي تواجه هذه المرحلة يقول المهندس سعيد عبدالعليم مدير المرحلة الثانية: إن الخط الثالث يختلف عن الثاني والأول في طريقة حفر الأنفاق علي عمق 20 مترا باستخدام ماكينة الحفر العملاقة "إيموحتب" وهي فرنسية عكس الماكينة الألمانية «نفرتيتي» التي تم استخدمها في حفر المرحلة الأولي ونظرا لأنها تعمل في التربة الرملية فلا يمكن استخدامها في المرحلة الثانية لأنها تحتاج الي ماكينة حفر تعمل في التربة الرملية والطينية وكان علينا الاتجاه إلي "إيموحتب" ومعدل حفرها من 6 إلي 8 أمتار وتعمل بطريقة سد جوانب التربة بضغط التربة باستخدام مادة «الفوم»، كما تم تحويل جميع المرافق للمحطات كما تم الانتهاء من تشطيب دورات مياه خاصة للمواطنين داخل المترو ولأول مرة استخدم نظام الإطفاء بطول مسار النفق بمد شبكة مواسير مياه مضغوطة جاهزة للاستخدام طبقاً للمعايير والمتطلبات الحديثة لجهاز الحماية المدنية المصري. ويضيف المهندس عبدالعليم أحمد موسي أنه سبق وواجهت محطة هارون الرشيد في مصر الجديدة أزمة وتوقف الحفر لمدة شهر تقريباً وذلك بسبب إخفاق محافظة القاهرة في جمع المعلومات بمنتهي الدقة والجدية عن المنطقة المحددة للحفر فيها وأثناء العمل يتم اكتشاف وجود مواسير مياه أو كابلات كهربائية وهذا يكلف الهيئة والمشروع بأكمله العديد من الأموال نظراً لتعطيل الشركة الفرنسية المشرفة علي المشروع والمقاولين بخلاف عدم دراسة المواقع بشكل جيد بمعني عندما يتم الحفر نكتشف أن هذه المنطقة لاتتحمل شوارعها وعماراتها الحفر علي الأعماق المحددة لتنفيذ المحطة والمسار وفي هذه الحالة نقوم بالتنسيق مع الجهات المعنية داخل المحافظة بتحويل المسارات المرورية ثم عمل تدعيم للأرض تحت أساسات المباني. ويشير موسي إلي أن المرحلة الثانية ستنقل 600 ألف راكب يوميا كما أن القطارات التي من المقرر لها العمل بالخط الثالث تستمد التغذية الكهربائية فيها من القضيب الثالث من أسفل وليس من الشبكة الهوائية وبذلك نتفادي الأعطال التي تحدث الآن في الخط الأول نتيجة للعمل بالكابلات الكهربائية المعلقة. من جانبه قال اللواء إسماعيل النجدي رئيس الهيئة القومية لمترو الأنفاق ل (آخر ساعة) إنه تم استكمال كافة الاستعدادات الأخيرة الخاصة باختبارات التشغيل للمرحلة الثانية من الخط الثالث لمترو الانفاق كما تم الاطمئنان علي انتهاء جميع اختبارات التشغيل التي تجربها الهيئة القومية للأنفاق وشركة المترو وإزالة تشطيبات المحطات التي لم تكتمل حتي الآن وتركيب السلالم الكهربائية ورفع الإشغالات الموجودة علي أرصفة المحطات والانتهاء من سحب الدخان والحريق من المحطات وسلامة وجاهزية القطارات. ويذكر اللواء النجدي أن تلك المرحلة التي تمتد من العباسية حتي محطة الأهرام بمصر الجديدة تضم 4 محطات نفقية، هي معرض القاهرة والاستاد، وكلية البنات، والأهرام، بمسافة 7.7 كيلو متر وبتكلفة بلغت 4.3 مليار جنيه، وسيعمل بها 7 قطارات كما أن تنفيذها بدأ مع بداية 2009 والانتهاء منها كان قبل الموعد المحدد لافتتاحها ب6شهور، ويحضر الافتتاح الرئيس عدلي منصور ورئيس الوزراء إبراهيم محلب وعدد من قيادات الدولة.