رفض الرئيس المعزول محمد مرسى، استلام تعيين السجن للمرة الثانية، والذي كان عبارة عن طبق عدس، و3 أرغفة خبز وثمرة برتقال، وطلب تناول الطعام من كافتيريا السجين " وجبة فراخ". كان الرئيس السابق قد استيقظ مبكراً لأداء صلاة الفجر داخل زنزانته فى ظل حراسة مشددة، بحضور مساعد وزير الداخلية لمصلحة السجون، اللواء محمد راتب. وكان مرسى قد وصل إلى مقر محبسه بسجن برج العرب، الاثنين 4 نوفمبر، في تمام الثانية والنصف ظهراً تقله مروحية من أمام مقر محاكمته بأكاديمية الشرطة وحتى مقر محبسه داخل السجن، بصحبة أفراد العمليات الخاصة، وفور استقبال ضباط إدارة السجن له، بدأ "مرسى يردد"أنا الرئيس الشرعي المنتخب من الشعب المصري.. وإن ما يحدث معي الآن باطل بموجب الدستور والقانون". وبدأت إدارة السجن في تنفيذ الإجراءات بتسجيل اسمه في دفاتر السجن واستلم رقم عمومي، وتصويره، والكشف على صحته، وبيان معاناته من أمراض يتناول لها عقاقير. وقام بمرسي عدها بتنفيذ لوائح السجن وارتداء زى الحبس الاحتياطي وهو اللون الأبيض، ثم دخل غرفته التي قامت القوات المسلحة بتجهيزها له وهى غرفة العناية المركزة بمستشفى برج العرب، وذلك لإبعاده عن عناصر جماعة الإخوان الموجودين بالسجن. كما وقع المعزول على الوجبات التي سيتناولها داخل السجن، وهى وجبتين يومياً للإفطار والغذاء ويؤخذ طعام العشاء مع الإفطار الذي يكون جبنة وحلاوة وفول و3 قطع خبز وإحدى الفواكه الموسمية، أما الغذاء فيكون لحما ونوعا من الخضروات يومي الاثنين والخميس، والثلاثاء بيض، والأربعاء عدس، ونوع من الخضروات في باقي أيام الأسبوع، حيث لا توجد "فراخ" في مطبخ السجن وإنما في الكافتيريا التي يتم سداد بونات مقابل اختيار الطعام. جدير بالذكر أن السجن شديد الحراسة ويوجد فى صحراء برج العرب، ومؤمن بشكل كامل من خلال الأسوار التي يصل طولها إلى سبعة أمتار بالإضافة إلى أبراج المراقبة المعين عليها عدد من أفراد الشرطة المأمورين بإطلاق الأعيرة والتعامل الفوري مع أي محاولات للهروب أو لاقتحام السجن.