انتقدت منظمة العفو الدولية ما وصفته بالانحدار الحاد في حالة حقوق الإنسان في مصر في السنة التي أعقبت عزل الرئيس السابق محمد مرسي، في الوقت نفسه وصف اللواء أبو بكر عبد الكريم مساعد وزير الداخلية لشئون حقوق الإنسان أن التقرير محل مراجعة من قبل الوزارة رغم ما فيه من مغالطات ومبالغات وتشويه. وتحدثت المنظمة عن تسجيلها لحالات قبض واعتقال تعسفية في مصر وعن معدلات تعذيب ووفاة مروعة في الأقسام والسجون. واعتمدت المنظمة في تقديرها لأعداد الأشخاص الذين تم القبض عليهم عقب 30 يونيو ووصفتهم المنظمة بالمعتقلين، على تقارير وكالة أسوشيتيد برس التي قدرت عددهم ب 16 ألف شخص فيما اعتمدت في تقديرها لأعداد من قالت إنهم توفوا في السجون من جراء التعذيب على المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية. وفي سياق نفس المقال الذي نشر على موقع المنظمة، وصفت حسيبة الحاج صحراوي مدير برنامج الشرق الأوسشط وشمال إفريقيا في المنظمة جهاز الأمن الوطني بالجهاز سيئ السمعة، متهمة إياه بالعودة إلى ممارسة الأساليب القمعية التي كانت تمارس إبان عهد الرئيس الأسبق حسني مبارك. ومن جانبه، قال اللواء أبو بكر عبد الكريم مساعد وزير الداخلية لحقوق الإنسان إن ملف حقوق الإنسان يلقى اهتماما كبيرا من الدولة حتى لا نعطي لأي جهة من الداخل أو الخارج أن يسقط على أي من مؤسسات الدولة في هذا المجال. وأضاف -خلال مداخلة هاتفية مع الإعلامي جابر القرموطي في برنامج مانشيت على أون تي في- أن هذا التقرير على الرغم مما فيه من تشويه وعدم دقة في المعلومات ومبالغات ومغالطات التي أوردها إلا أنه تتم مراجعته والتحقيق فيما تضمنه من وقائع تأكيدا للشفافية مؤكدا أن النيابة العامة ستتولى التحقيق ولو ثبت صحة أي من الوقائع سوف نعلن عنها على الفور. واستغرب عبد الكريم ما استخدمه التقرير من مصطلح الاعتقال مؤكدا أنه لا أساس له من الصحة وتم إيقاف العمل به في 2012 ولم يتم تنفيذ قرار اعتقال أي مواطن حتى خلال فترة حظر التجوال العام الماضي. وأكد أن تقديرات التقرير لعدد "المعتقلين" -حسب وصفهم- غير صحيح على الإطلاق، متسائلا عن مصادرهم في استقاء هذه المعلومات وعن المنظمات الحقوقية التي أوردت لهم هذه المعلومات، مطالبا إياه بتقديم حالات بهذه الوقائع إلى النيابة العامة للتحقيق فيها. وعن إمكانية دعوة المنظمة للتتحقق من الأوضاع على الأرض، قال إن المنظمة سبق أن قامت بهذه الزيارة وأن الوزارة لا مانع لديها من إجراء زيارات من قبل أي جهة وأن المجلس القومي لحقوق الإنسان يزور كل السجون التي يتم الادعاء أنه يقع بها حالات تعذيب أو ما شابه وأن النيابة العامة تقوم بالتفتيش المفاجئ وتزور أماكن الاحتجاز في السجون.