تاريخ الإخوان الإرهابى بدأ منذ نشأة جماعة الإخوان، المنهج الإخوانى انتقده علماء الأزهر منذ نشأة الجماعة، فمن بين من انتقدوا فكر الإخوان كان الشيخ مصطفى المراغى الذى لم يكن محسوبا على تيار سياسى، أو منحازا إلى جبهة أو فكرة، وإنما عُرف باعتباره أزهريا متجردا، وواحدا من أصحاب الرؤى التنويرية المؤسسة على أرضية وسطية، كما أنه فى طليعة مُجددى عصره. يمكن القول إن المراغى أبرز شيوخ الأزهر المجددين فى ثلاثينيات وأربعينيات القرن الماضى، وعلى تلك الأرضية جاءت مواقفه تجاه جماعة الإخوان بكل ممارساتها المنحرفة، فقد كان أول شيخ للأزهر يطالب بحل الجماعة خلال أربعينيات القرن الماضى، بعدما انكشف منهجها الحقيقى فى العنف والإرهاب. موقف الإمام المراغى كان متجردًا من أى اعتبار، فرغم علاقته الإنسانية السابقة بمؤسس الجماعة حسن البنا، ولقاءاتهما المتكررة التى كان «البنا» يعرض فيها وجهة نظر جماعته بشأن إصلاح التعليم الدينى، ويستضىء برؤى الإمام وأفكاره، أبى «المراغى» أن يصمت على الحق أو يتهاون فى اتخاذ موقف من انحراف الجماعة. فى البداية، اعتقد الشيخ محمد مصطفى المراغى، أن الجماعة هدفها نشر الدين الإسلامى، كما ادعى حسن البنا وأتباعه، لكن سرعان ما انكشفت الحقيقة أمامه، وتأكد أنها تسعى لأن تكون جماعة بديلة عن الإسلام، وترى أن من ليس داخلها فهو خارج على الدين، ومنذ تلك اللحظة بدأت مواقفه تجاه التنظيم تتبدل وتتغير بشكل كامل. يعرف الشيخ المراغى بأنه أول أزهرى طالب بحل التنظيم علنا، عندما طالب رئيس الوزراء حينها أحمد ماهر بضرورة حل الإخوان، وذلك بعد شهور فقط من تأسيسها ما أسمته «قسم الفتوى»، حتى يكون مرجعية الجماعة فى الفتوى ونافذة بديلة عن الأزهر والمؤسسات الدينية، والمفارقة أن «ماهر» نفسه قُتل لاحقًا على أيدى الإخوان. وأوضح المراغى أن جماعة الإخوان تريد خلق مرجعية موازية للأزهر، دون أن تكون مؤهلة للأمر من بعيد أو قريب، وقد صار للجماعة قلم إفتاء خاص، وعلى أثر ذلك كان الاقتراح الذى تقدم به فى العام 1945 إلى رئيس الوزراء حينها، يطالبه بحل الإخوان والجماعات المماثلة، لأنها أباحت لنفسها حق إصدار الفتوى ونشرها على الناس، لكنه توفى فى العام نفسه قبل أن يُحقّق طلبه. وأبرزت مجلة الإخوان مطالبة شيخ الأزهر الإمام المراغى بحل الجماعة، فكتبت تحت عنوان أربع محاولات لحل جماعة الإخوان، والمرة الثالثة كانت فى وزارة أحمد ماهر باشا، وكانت هذه المرة على طلب الشيخ المراغى، الذى طالب بحل جميع الهيئات الدينية، وبينها جماعة الإخوان، لأن هذه الهيئات أباحت لنفسها استصدار الفتوى ونشرها على الناس، كل بما يتفق وأغراضها.
