من ضمن مذكرات علماء الأزهر عن جماعة الإخوان مطالبة الشيخ المراغي من رئيس الوزراء أحمد ماهر حل جماعة الإخوان، وقد كانت علاقة الشيخ المراغي بحسن البنا علاقة وطيدة، بالنظر إلى أن البنا أسس جماعة دعوية غرضها الوحيد الدعوة للفضائل والتربية، ولذلك حدث تجاوب بين المراغي والبنا في سنة 1935 فعندما ذهب البنا ومعه عدد من الإخوان, وقابلوا الشيخ المراغي، وسلموه رسائل متعلقة بإصلاح التعليم الديني، كما بعث مرشد الإخوان برسالة إلى شيخ الأزهر مصطفى المراغي يدعوه لمقاومة "بوائق الإلحاد الإباحية الجامحة وتقوية سلطان الدين في النفوس، لكن ظهر للشيخ المراغي الوجه الحقيقي لجماعة الإخوان، وتبين له أن الأمر لا يعدو عن كونه وسائل مختلفة غرضها تحويل الجماعة إلى مرجعية بديلة من غير أن تكون مؤهلة لهذا الأمر، فأباحت لنفسها الفتوى في الدين، ومن هنا طالب الإمام المراغي بحل الجماعة، وورد خبر مطالبة المراغي بحل الجماعة في مجلة الإخوان المسلمين الأسبوعية، عدد الأحد 8 جمادى الآخر، 1367ه، 17 أبريل 1948م، السنة السادسة، العدد 195، ص10.