شكله الفريد ووقوعه فى أحضان معبد الأقصر الفرعونى واحتواؤه على بقايا كنيسة قبطية قديمة يقبع فوقها مسجد «سيدى أبى الحجاج الأقصرى» بارتفاع فوق سطح أرض المعبد يصل ل10 أمتار، جعل له مكانة كبيرة لدى الكثيرين كونه أحد المزارات الدينية والسياحية فى نفس الوقت. ويعد مسجد «أبوالحجاج الأقصرى» أبهى المساجد و أقربها لقلوب الكثيرين لما يحمله من تراث يحكى توالى الحضارات المصرية المختلفة، حيث تم بناؤه على يد «يوسف بن عبد الرحيم بن يوسف بن عيسى الزاهد»، المعروف «بأبى الحجاج الأقصرى» والذى دفن فيه وسمى باسمه، ويعود تاريخ إنشاء المسجد إلى العصر الأيوبى، حيث تم بناؤه عام 658 ه/ 1286م، بالجانب الشمالى الشرقى من معبد الأقصر. ويأتى المسجد فى تصميم معمارى يشبه المساجد الفاطمية القديمة، بما فى ذلك المساحة الصغيرة المربعة التى تغطى بسقف خشبى،وتعد المئذنة الوسطى أقدم مكونات المسجد والتى تعود إلى عصر أبى الحجاج نفسه، ويبلغ ارتفاعها حوالى 14 مترا. كما أضيفت للمسجد مئذنة أخرى بعد ذلك والتى تمت مراعاة التصميم المعمارى للمكان فيها، كما يحتوى المسجد أيضًا على قبة تحتوى على الضريح مكونة من قاعدة غير منتظمة الأبعاد، وتدرج حتى تصل إلى الشكل الدائرى للقبة، وقد تمت توسعة المسجد عدة مرات، حيث أعيد بناؤه فى القرن التاسع عشر الميلادى، وتم ترميمه أوائل القرن العشرين، وفى 2009 وبعد أن انتهت أعمال الترميم به تم الكشف عن جدران المعبد التى كانت مطلية بدهانات تغطى معالم الأثر، لتظهر أعمدة وأعتاب عليها كتابات مصرية قديمة ترجع إلى عصر رمسيس الثانى. وفى شهر رمضان تقام صلاة التراويح، حيث يشهد المسجد إقبالا كبيرا للغاية لأداء صلاة التراويح ثم زيارة ضريح الإمام وقراءة الفاتحة له، لما يحمله من طابع خاص لأهالى الأقصر، كما يضاء المسجد بألوان وأشكال مختلفة من الزينة والأنوار، بالإضافة إلى العديد من الاحتفالات والأمسيات الدينية التى تشهدها ساحته ويتوافد عليها الآلاف من مختلف أرجاء المحافظة، الذين يحظون بوعظ بعض الأئمة خلال الشهر الكريم فى الحلقات الدينية ودروس الوعظ.
