كشفت مصادر مطلعة داخل حزب المصريين الأحرار، أن هناك عددا من الخلافات بين أعضاء الحزب، على إثر اندماجه مع حزب الجبهة الديمقراطية، أبرزها الاعتراض على تشكيل الهياكل الجديدة منها أمانات المحافظات، وعدم تفعيل وثيقة الاندماج بالشكل الكامل، وضعف تمثيل المرأة، وغياب منظمة للشباب. وأكدت المصادر ل"اليوم السابع"، أنه تم طرح لجنة ممثلة من الحزبين لبحث تلك المشكلات وحلها، ولكن حتى الآن لم يصدر الحزب قرار رسمى بذلك، مشيرة إلى أن الحزب سيعقد مؤتمر عام له فى مارس لتحصين الوثيقة وتفعيلها بالشكل الكامل.