رغم نجاح البرتغالي مانويل جوزيه المدير الفني للأهلي في قيادة الفريق لست بطولات للدوري المصري واربعة ألقاب لدوري أبطال افريقيا ومثلها للسوبر القاري الا أن كأس مصر تظل البطولة الاقل تتويجا للمدرب البرتغالي. فالأهلي خاض كأس مصر في عهد البرتغالي جوزيه ثماني مرات لم يفز بها الا مرتين والمرتين على حساب الزمالك في بطولتي 2006 و2007. ونجحت فرق انبي وحرس الحدود وغزل السويس وبترول اسيوط والمقاولون العرب وغزل المحلة في اقصاء البطل المحلي ست مرات في ثماني سنوات. ونلقي هنا الضوء على اهم ارقام الأهلي في بطولات الكأس في عهد مانويل جوزيه: خاض الأهلي الكأس ثماني مرات في عهد جوزيه حققها مرتين وخسر النهائي مرة وخرج من دور ال16 4 مرات ومن دور ال32 مرة. اول مشاركة للأهلي في الكأس تحت قيادة جوزيه خرج الفريق من دور ال16 للبطولة امام غزل السويس بفضل قاعدة احتساب الهدف خارج الملعب بهدفين. لعب الأهلي 3 نهائيات للكأس مع جوزيه فاز في مرتين وخسر مرة وحيدة امام المقاولون العرب في 2004. اول لقب للكأس حققه جوزيه مع الأهلي كان في 2006 على حساب الزمالك في النهائي بنتيجة 3-0. خرج الأهلي من الكأس بركلات الترجيح في عهد جوزيه مرة وحيدة عام 2005 بعد التعادل 1-1 في دور ال16. اخر مشاركتين للأهلي في عهد جوزيه بالكأس خرج من دور ال16 امام حرس الحدود في 2009 وانبي في 2011. في 2002 خرج الأهلي من الكأس امام غزل السويس بقاعدة احتساب الاهداف خارج الملعب بهدفين بعد تعادل الفريقين 0-0 بالسويس و1-1 بالقاهرة. خرج الأهلي بنتيجة 1-0 في اخر 3 مشاركات له في الكأس تحت قيادة جوزيه في 2008 امام بترول اسيوط و2009 امام الحرس و2011 امام انبي. حقق جوزيه الكأس مرتين فقط مع الأهلي على حساب الزمالك في 2006 و2007 بنتيجتي 3-0 و4-3.
