بدأ الدكتور إبراهيم الدميري، وزير النقل الجديد، خطة هيكلة وتطهير الوزارة؛ عبر إبعاد قيادات النقل ممن عينوا في عهد الإخوان دون وجه حق، وتطبيق قرار رئيس الوزراء الدكتور حازم الببلاوي بتقليص عدد مستشاري الوزير إلى اثنين فقط. وفي خطوة استباقية تقدم عدد من رجال الإخوان باستقالاتهم وهم: الدكتور وليد عبد الغفار، مستشار وزير النقل السابق الدكتور حاتم عبد اللطيف والذي كان يشغل أيضا منصب رئيس الأمانة الفنية لمشروع محور قناة السويس، والدكتور محمد العجرودي، مستشار وزير النقل السابق، والمستشار الإعلامي لوزير النقل السابق. وقال مصدر مسئول في وزارة النقل: إن "تطهير وزارة النقل من رجال الإخوان ليس صعبا؛ فمعظم المنتمين للجماعة تقدموا باستقالتهم من الوزارة ولم يبق سوى الدكتور رجب موسى، مساعد وزير النقل السابق، ومن المقرر استبعاده وفقًا لقرار الببلاوى بالحد من عدد المستشارين. ونجت هيئات النقل من عملية الأخونة؛ فلا يوجد بين رؤساء الهيئات أي من قيادات الإخوان وجميعهم من داخل الهيئات؛ حيث عٌين حسين زكريا – غير منتم للإخوان - رئيسا للهيئة القومية للسكك الحديدية خلفا لمصطفى قناوى عقب حادث قطار البدرشين"، وعٌين المهندس عبد الله فوزي - نائب رئيس هيئة المترو السابق - رئيسًا للشركة المصرية لإدارة وتشغيل المترو، عقب مطالبة العاملين بمترو الأنفاق بإقالة رئيس هيئة المترو آنذاك على حسين، ونفس الأمر بالنسبة لرؤساء هيئات "الموانئ البرية والنقل البحري" اللواء جمال حجازي واللواء السيد هداية على الترتيب. وأكد المهندس عبد الله فوزى، رئيس الشركة المصرية لإدارة وتشغيل المترو، ل "فيتو"، أن جميع موظفي الشركة من داخلها، مشيرًا إلى أن هيئة المترو نجت من الأخونة ولم يدخل عليها موظف واحد من خارجها منذ عامين لطبيعتها الخاصة، وهو ما أكده المهندس حسين زكريا، رئيس الهيئة القومية للسكك الحديدية، حيث شدد على أن الهيئة لا يوجد بين قيادتها منتمون لجماعة الإخوان.