تسبب تدخل مدير جهاز المخابرات العامة وبعض رجال مؤسسة الرئاسة فى الشئون الخارجية لمصر وتهميش وزارة الخارجية ردود فعل متباينة.. فمنهم من قال: "إن تدخل الرئاسة ليس تهميشا للخارجية". ومنهم من أكد على علم مؤسسات سيادية بمعلومات تتعلق بجماعة الإخوان التى ينتمى إليها رئيس الجمهورية ولا تريد أن تحيط بها علم وزارة الخارجية.. فى حين أن البعض الآخر يرى أن الرئيس «محمد مرسى» يسير على خطى الرئيس السابق «مبارك» فى الاستعانة بجهاز المخابرات لتنفيذ بعض القضايا الخارجية بعيدًا عن المؤسسات المعنية بذلك. أكد السفير «عادل الصفتى» وكيل وزارة الخارجية الأسبق، أن الرئيس مرسى يسير على خُطَا مبارك، وبخاصة فى إدارة الملف الخارجى. وقال: "إن تدخل رئيس المخابرات العامة فى أمور تتعلق بعمل وزارة الخارجية أمر مهين، وأن مبارك كان يكلف «عمر سليمان» رئيس جهاز المخابرات الأسبق بإدارة بعض الملفات الخارجية كما هو الحال الآن مع رئيس الجهاز الحالى. وأوضح الصفتى أن رجال المخابرات يفتقرون إلى خبرة إدارة الملفات الخارجية بشكل صحيح كالدبلوماسين، مؤكدا أن عدم حضور السفير المصرى لقاء الوفد الرئاسى والمخابراتى مع المسئولين الإماراتيين يهدف بالتأكيد إلى محاولة إخفاء مؤسسة الرئاسة بعض المعلومات عن الخارجية . وأكد السفير أحمد فتحى أبو الخير، مساعد وزير الخارجية الأسبق، أن زيارة الوفد المصرى للإمارات، لبحث أزمة المعتقلين المصريين، بدون حضور السفير المصرى هناك أمر غير طبيعى. وقال «أبو الخير»: "إن رئاسة الجمهورية اضطرت لإرسال وفد ممثل عن الدولة بعد امتناع المسئولين الإمارتيين عن الإدلاء بأى معلومات، حول اعتقال المصريين، للسفارة المصرية، ولكن مشاركة مؤسسة الرئاسة وجهاز المخابرات العامة شيء طبيعى، لأنهم ممثلون عن الدولة". وأوضح أن عدم حضور السفير المصرى بالإمارت اللقاء الذى جمع بين الوفد المصرى والمسئولين الإمارتيين، قد يكون بتعليمات عليا من مؤسسة الرئاسة. وأشار «أبو الخير» إلى أنه لا يمكن الكشف عن نية رئيس الجمهورية، حول مشاركة وفد من مؤسسة الرئاسة، وجهاز المخابرات، دون مشاركة وزارة الخارجية، إذا كان له دلالة فى محاولة إخفاء بعض المعلومات عنها، خاصة بعدما تردد عن انتماء المقبوض عليهم لجماعة الإخوان المسلمين. وأكد السفير «محمد شاكر»، رئيس المجلس المصرى للشئون الخارجية، أن تدخل مؤسسة الرئاسة فى بعض الأمور والسياسات الخارجية قد تكون رغبة من رئيس الجمهورية بعدم إطلاع وزير الخارجية على بعض المعلومات الحساسة سياسيًّا فى الوقت الراهن. وقال ردا على إرسال الدكتور «عصام الحداد» مستشار الرئيس إلى الإمارات: إنه من حق رئيس الجمهورية إرسال مبعوثين له فى أى دولة لحل بعض المشاكل المتعلقة بالمصريين فى الخارج، ومن الممكن أن تكون الشخصية الوسيطة من مؤسسة الرئاسة أو يكون رجل أعمال تربطه علاقات وطيدة مع دولة أخرى بعيدًا عن العلاقات الدبلوماسية. وأشار إلى أن الدكتور «أسامة الباز» كان يقوم بالعديد من الزيارات الرسمية لبعض الدول فى عهد الرئيس السابق «حسنى مبارك» وهذا لا يقلل من دور وزير الخارجية، ولكن من الممكن أن يكون وزير الخارجية مشغولًا بملفات أخرى لذلك يستلزم تحديد شخصية أخرى تقوم بمهام محددة. وأوضح أنه توجد بعض نتائج الزيارات التى يقوم بها مبعوثون من خارج الوزارة إلى الدول فى الخارج ويتم إبلاغ نتائجها إلى وزير الخارجية والبعض الآخر لم يتم إبلاغه فى نفس التوقيت لأسباب يحددها رئيس الجمهورية الذى من حقه امتلاك جميع الأدوات.