تفقد الدولة هيبتها،عندما يُمتهن قضاؤها، ولكن مصر مبتلاة، سواء فى ظل النظام السابق، أو النظام الحالى، بإهانة القضاة، من خلال عدم تنفيذ أحكامه، ولعل أزمة جامعة النيل، تعتبر تجسيدا حقيقيا لذلك. كان القضاء المصرى، قضى مرتين بحق طلاب جامعة النيل، في تنفيذ عودتهم لمقارهم ومعاملهم، واعتقد الطلاب وأولياء أمورهم أن هذا كفيل بوضع حد لمأساتهم، والعودة إلى جامعتهم، التى حُرموا منها لأكثر من 3 سنوات، خاصة أن حكم العودة كان واجب النفاذ بمسودته، إلا أنهم فوجئوا بحرب عاصفة جديدة،دخلت فيها الدولة،طرفا، لتغتصب العدل والقضاء والحق الذي أقره قضاء مصر في حكم مستعجل أقر بأن المباني والممتلكات لجامعة النيل، وليست لمدينة الدكتور أحمد زويل العلمية. لقد استنفرت الدولة أجهزتها لتقف ضد عودة الحق، الذى حكم به القضاء مرتين، للجامعة ب 5 طعون مرة واحدة، الأول من رئيس الجمهورية، والثانى من رئيس الوزراء، والثالث من وزيرالتعليم العالي، والرابع من وزير الاتصالات يطعن، والخامس من الدكتور زويل . واستمرت التحركات المعاكسة واجتمعت لتحارب طلاب "النيل"، سعيا للتغييرعلي الأرض، وفرض الأمر الواقع بإهمال القانون، حتى وصل الأمر إلى وضع الدكتور زويل حجر أساس لمشروع جديد علي أرض مقر الجامعة، وهو مشروع لايحمل لمصر أكثر من اعتباره تحديا جديدا للعدالة، وهو مارد عليه الدكتور طارق خليل، رئيس الجامعة، وحرر محضرًا بقسم الشيخ زايد ضد الرئيس ورئيس الوزراء ووزراء التعليم العالي والاتصالات وزويل، أكد فيه تضرره من تقاعس الدولة في تنفيذ حكم عودة المباني والأرض للجامعة. ولم تتوقف الأضرار علي الطلبة وجامعتهم فقط، بل إن هناك أضرارا مادية مباشرة، الحقت بالمال العام، تتجسد في تعنت مدينة زويل في عدم استخدام المباني التي تسكنها الأشباح، و تعطيل أجهزة ومعدات لمدة تزيد علي عامين وتدخل حاليا عامها الثالث، ما كبد الجامعة نحو 25 مليون جنيه، إضافة إلي عمليات هدم المباني وتغيير معالمها التي قام بها مشروع زويل، وهي في ذاتها بمثابة بلاغات جديدة تجسد إهدارا المال العام . ورغم قرار الدكتور محمد مرسي بإنشاء مدينة زويل العلمية بالشيخ زايد بمدينة 6 أكتوبر، فضلا عن القرار الجمهوري رقم 255 لسنة 2006 الذي يقضي بإنشاء جامعة النيل ضمن الخطة القومية لوزارة الاتصالات، إلا أن قرار مرسي الأخير لم يحدد على وجه التفصيل، مكان مدينة زويل، أي أن الرئيس لم يقل كلمته الأخيرة بشأن النزاع حول حق جامعة النيل. المؤسف أن الدكتور مرسى، عندما زار المقر المؤقت لجامعة النيل بالقرية الذكية، وكان "مرشحا رئاسيا"، أعرب عن دهشته واستنكاره لضم مبانى جامعة النيل لتكون أساساً لمشروع مدينة زويل العلمية وقال نصا: " أليست أرض الله واسعة؟.. نعطى زويل أرضاً أخرى يقيم عليها مشروعه إن أرض الله واسعة، وكفى الله المؤمنين القتال»، ورغم ذلك لاتزال الأمور مستمرة دون حل!.