قال خالد الزعفراني، القيادي الإخواني المنشق، الباحث في شئون الحركات والجماعات الإسلامية: إن تنظيم الفاتحين المتورط في جريمة الفرافرة التي راح ضحيتها شهداء الجيش يعتبر أحد الأبناء غير الشرعيين لتنظيم القاعدة، بعد أن اختلف قياداته مع أيمن الظواهري، في بعض الأمور الشرعية التي تتسبب في الانشقاقات -دائما- داخل التنظيمات الجهادية. ونفى الزعفراني، في تصريح ل"فيتو"، أن يكون تنظيم الفاتحين له أي علاقة مباشرة بجماعة الإخوان على الرغم من فرح الإخوان بما ينفذه هذا التنظيم وينظمه أي تنظيم إرهابي ضد مصر وخاصة بعد عزل الرئيس الأسبق محمد مرسي.