أمرت نيابة قصر النيل، برئاسة سمير حسن، وإشراف المستشار حمدى منصور المحامى العام الأول لنيابات وسط القاهرة، باستدعاء المسعفين الذين نقلوا الشهيد محمد الشافعي إلى مستشفى الهلال، للاستماع إلى أقوالهم، ومعرفة خط سير سيارة الاسعاف التي نقلته من مرفق هيئة الاسعاف، كما امرت النيابة مصلحة الطب الشرعي بارسال الطلقات التي تم استخراجها من جثة الشافعي، لارسالها الي المعمل الجنائي لبيان نوعها، وسرعة نتيجة تحليل «دى ان إيه» لتسليم الجثمان إلى أهليته . وكان عمرو عوض وكيل النيابة، انتقل إلى مستشفي الهلال لمناظرة جثة شخص مجهول الهوية، توفي اثر اصابته بطلق ناري وأرسل الي جميع المديريات نشرة باوصافه حتي تعرفت عليه والدته بمشرحة زينهم، وامرت النيابة بتحليل dna لاثبات صلة النسب كما استمع المحقق إلى اقوال والدة الشافعي التي أكدت ان نجلها احد مصابي ثورة 25 يناير، وفي يوم 28 يناير اثناء الاحتفال بالذكري الثانية بالثورة، كان برفقتها بالمنزل وشاهد علي شاشة التلفاز مسيرة تخرج من السيدة زينب إلى ميدان التحرير وارتدي ملابسه ونزل مسرعا، للمشاركة مع المتظاهرين رغم توسله له ببقائه في البيت وكان ذلك في الساعة التاسعة مساء، وبمرور ساعات اتصلت بهاتفه فوجدته مغلقا ومنذ ذلك اليوم لم تعثر علي مكانه واضافت انها توجهت الي جميع المستشفيات ومشرحة الطب الشرعي للعثور عليه لكن دون جدوى.