قرر المستشار سمير حسن رئيس نيابة قصر النيل، استدعاء المسعفين الذين نقلوا الشهيد محمد الشافعي للاستماع إلى أقوالهم ومعرفة خط سير سيارة الإسعاف التي نقلته إلى مستشفى الهلال من مرفق هيئة الإسعاف، كما أمر مصلحة الطب الشرعي بإرسال الطلقات التي تم استخراجها من جثة الشافعي؛ لإرسالها إلى المعمل الجنائي لبيان نوعه. كان المستشار عمرو عوض وكيل النيابة انتقل إلى مستشفى الهلال لمناظرة جثة شخص مجهول الهوية توفي إثر إصابته بطلق ناري، وأرسل إلى جميع المديريات لنشره بأوصافه؛ حتى تعرفت عليه والدته بمشرحة زينهم، وأمرت النيابة بتحليل dna)) لإثبات صلة النسب. واستمع المستشار عمرو عوض إلى أقوال والدة الشافعي التي أكدت أن نجلها أحد مصابي ثورة 25 يناير، وفي يوم 28 يناير أثناء الاحتفال بالذكرى الثانية بالثورة، وكان برفقتها بالمنزل وشاهد على شاشة التلفاز مسيرة تخرج من السيدة زينب إلى ميدان التحرير، وارتدى ملابسه ونزل مسرعا للمشاركة مع المتظاهرين رغم توسلها له ببقائه في البيت، وكان ذلك في الساعة التاسعة مساء، وبمرور الساعات اتصلت بهاتفه فوجدته مغلقا، ومنذ ذلك اليوم لم تعثر على مكانه، وأضافت أنها توجهت إلى جميع المستشفيات ومشرحة الطب الشرعي للعثور عليه لكن دون جدوى.