المستشار محمد ناجى شحاتة، رئيس الدائرة الخامسة بمحكمة جنايات الجيزة، المختصة بنظر قضايا الإرهاب، أصدر 204 حكمًا بالإعدام، و274 حكمًا بالمؤبد، و56 حكما بالسجن بأحكام متفاوتة من 10 إلى 7سنوات بينهم أطفال، بمجموع أحكام وصل نحو 7395 سنة سجن، وذلك بحق 534 شخص في أبرز 5 قضايا تولاها منذ توليه رئاسة الدائرة. المستشار محمد ناجي شحاتة "متهم" بتزوير الانتخابات البرلمانية في عهد الرئيس المخلوع حسني مبارك، في دائرة الزرقا بدمياط، وجاء اسمه في البلاغ المقدم من راجية عمران المحامية، وعلي طه المحامي. المؤبد ل"دومة" و229 آخرين و10 سنوات ل 39طفل بأحداث "مجلس الوزراء" أصدر شحاتة حكمًا بالسجن المؤبد على الناشط السياسي أحمد دومة و229 آخرين في القضية الشهيرة إعلاميا ب"أحداث مجلس الوزراء"، وإلزامهم بدفع 17 مليون عن التلفيات التي حدثت، ومعاقبة 39 حدث "طفل" آخرين بالسجن 10 سنوات، وذلك على خلفية إتهامهم بالإعتداء على مقار مجلس الوزراء ومجلسي الشعب والشورى والمباني الحكومية المجاورة له، وحرق المجمع العلمي، والإعتداء على رجال القوات المسلحة. المؤبد ل"بديع والبلتاجي والعريان وحجازي المستشار شحاتة أصدر حكمًا بالسجن المؤبد ل 8 قيادات بجماعة الإخوان المسلمين، والإعدام ل 7 آخرين، وذلك على خلفية إتهامهم بالتحريض على التظاهر يوم 22 يوليه، وإرتكاب أعمال قطع الطريق والتجمهر وإسقاط الدولة، والتي وقعت في منطقة الجيزة في القضية المعروفة إعلاميا بإسم "أحداث مسجد الإستقامة". وتضم قائمة الأسماء المحكوم عليهم بالمؤبد، المرشد العام للجماعة الدكتور محمد بديع، وعضو مجلس الشعب السابق، الدكتور محمد البلتاجي وعضو مجلس الشعب السابق، الدكتور عصام العريان، والداعية صفوت حجازي، ووزير التموين الأسبق الدكتور باسم عودة، و3قيادات أخرى وهم الحسينى عنتر محروس، عصام رجب عبدالحفيظ، محمد جمعة حسن. وضم الحكم، إعدام كل من الشيخ عاصم عبدالماجد عضو مجلس شورى الجماعة الإسلامية، وعزب مصطفى موسى، أنور شلتوت، محمد على طلحة، عبدالرازق محمود، عزت صبرى، وجميعهم هاربين. السجن من 10 سنوات ل 7سنوات بقضية "خلية الماريوت" وأصدر المستشار شحاتة ناجي، أحكامًا تتراوح من السجن المشدد 10 سنوات وحتى 7سنوات، على 18 إعلاميًا من بينهم 4 أجانب، وذلك على خلفية إتهامهم، بإرتكاب جرائم التحريض ضد السلطات بمصر، وذلك من خلال تصوير المذابح ومظاهر الإعتقالات والعنف والقتل الأمني وتغطية المظاهرات المعارضة للنظام، وبثها لصالح قناة الجزيرة. الإعدام لمرشد الإخوان و13 آخرين بقضية "غرفة عمليات رابعة" وأصدر شحاتة أيضًا حكما بالإعدام بحق 14 متهم من ضمنهم المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين الدكتور محمد بديع، وعضو مكتب الإرشاد محمود غزلان، والقيادي بالجماعة صلاح سلطان، والمؤبد بحق 36 آخرين، على خلفية القضية المتهم فيها المرشد العام لجماعة الإخوان، و50 من قيادات وأعضاء الجماعة، والمعروفة إعلاميًا ب"بغرفة عمليات رابعة". الإعدام ل 183 شخص بأحداث قسم كرداسة وأصدر المستشار شحاتة، حكمًا بالإعدام شنقًا على 183 شخص من معارضي النظام، ومعاقبة طفل "حدث" بالحبس 10 سنوات وبرائة اثنين، وانقضاء الدعوة لاثنين آخرين لوفاتهم داخل السجون، وذلك في القضية المعروفة إعلاميًا بإسم "أحداث كرداسة"، والمتهمين فيها بإقتحام وحرق وقتل ضباط وجنود مركز شرطة كرداسة خلال شهر أغسطس عام 2013. وكان يحاكم في القضية 188 شخص من معارضي النظام ومؤيدي الرئيس المعزول محمد مرسي، ومن بينهم 151 متهم محبوس، و37 هارب، ومتهمين متوفيين.