علق الإعلامى يوسف الحسينى، على موقف الأزهر الشريف، ضد الباحث إسلام بحيرى بسبب تقدم الأزهر بمذكرة رسمية إلى هيئة الاستثمار لوقف عرض برنامج بحيرى قائلا: إنه يخشى أن تعود محاكم التفتيش، كما كانت فى العصور الوسطى، موضحا أن الدولة ليس بها مؤسسات دينية إسلامية بحكم الدستور، وأن الأزهر مؤسسة علمية وجامعة ومنارة وقلعة التنوير، وليس الكنيسة فى الفاتيكان. وأضاف يوسف الحسينى، خلال عرضه لبرنامجه "السادة المحترمون"، والذى يذاع على قناة "أون تى فى"، "أنت تطالب بوقف برنامج إسلام بحيرى فهذا هو الغى بعينه، فالأزهر طمع واعتبر نفسه منزها عن أى نقص وأنه فوق النقد وفوق الشبهة، قائلا: لايوجد على سطح الأرض من هو فوق النقد، فالنبوة "خلصت" مع وفاة الرسول صلى الله عليه وآله وسلم وانقطاع الوحى، وبالتالى هناك من نختلف أو نتفق معه". واعتبر يوسف الحسينى أن الأزهر يرفض النقد ويتقرب من السلفيين، مستشهدا بأن وزارة الأوقاف سمحت للشيخ ياسر برهامى باعتلاء المنابر مرة أخرى، وكأنهم يريدون الرجوع بنا لعصور الظلمات.