يؤكد بعض الآباء الكهنة أن البابا شنودة كان لايحب الحديث عن المعجزات التي تحدث علي يديه وهناك العديد من الحكايات يرويها اقباط تؤكد ذلك منها أن سيده ذهبت إليه لأنها كانت عاقرا لاننجب وطلبت من البابا ان يصلي لها حتي تنجب والفعل صلي لها البابا مؤكدا لها أن الله سيجعلها تنجب وقال لها «لما ربنا يكرمك بالانجاب تعاليلي تاني» واعطاها قطعة قربانة للبركة وبعد فترة الحمل رزقت المرأة بطفل ولكنها نسيت أن تذهب إلي البابا مرة أخري وبعدها بأيام لاحظت أن يد الطفل مغلقة لا تفتح وافتكرت أنها لم تذهب إلي البابا لذلك ذهبت إليه فصلي لها واعطاها قطعة قربانة ورجعت يد الطفل كما كانت وقال لها لا تخبري أحدا بذلك فقالت له حاضر ياسيدنا وذهبت المرأة وهي فرحانة جدا بما فعله الله علي يد سيدنا البابا وعندما ذهبت إلي البيت وجاء الجيران كي يمطئنوا علي الطفل قالت المرأة من الفرحة إن الله صنع له معجزة علي يد سيدنا البابا شنودة، لقد نسيت المرأة ما قاله لها البابا شنودة وبعدها بأيام رجعت يد الطفل كما هي وحزنت الأم كثيرا وعرفت أن الله فعل بها هذا لأن البابا قال لها لا تخبري أحدا بما صنع الرب وذهبت المرأة وهي نادمة وحزينة إلي البابا وتأسفت له وقالت أنا أخطأت وأوعدك ياسيدنا البابا إني مش هاتكلم تاني وفعلا صلي سيدنا البابا للطفل مرة ثانية وهنا كانت المفاجأة انفتحت يد الطفل وكانت فيها قطعة القربان التي أعطاها البابا للأم قبل ذلك وأخذ سيدنا قطعة القربان من يد الطفل وقال للأم قطعة القربانة اعطيتها لك واخذتها تاني وأخذت الأم طفلها وهي مندهشة من أعمال الله العجيبة وكانت تمجد الله. معجزة أخري للبابا شنودة تمثلت في أن شابا مسيحيا من الاسكندرية كان يريد إنهاء بعض الاجراءات من جوازات السفر الموجودة بمحطة الرمل بالقرب من الكاتدرائية المرقسية بالاسكندرية وعندما بدأ في انهاء بعض الاجراءات وجد أن المبلغ الذي يملكه لا يكفي فهو يحتاج إلي رسوم حوالي 200 جنيه وأخذ الشاب يفكر من اين سيأتي بهذا المبلغ وإذا بأحد الاشخاص ينادي عليه ويقول له ألا تعرف كنيسة قريبة من هنا فقال له توجد الكنيسة المرقسية قريبة، ممكن اوصلك وعندما ذهبا للكنيسة وجدا زحاما وعرفا أن البابا شنودة يبارك الشعب فوقفا في طابور المتواجدين وكان من عادة سيدنا أن يقدم للمحبين مبلغ عشرين جنيها لكل شخص وعندما سلم عليه هذا الشاب فوجئ بأن قداسة البابا شنودة يعطيه 200 جنيه وعندما أخذها ومشي فكر قليلا قد يكون البابا مخطئا فرجع إليه ليقول له إنه أخذ 200 جنيه وليس 20 جنيها وقال بعض الشباب المتواجدون حول البابا لقد أخذت منه بركة فلماذا ترجعها وعلا صياحهم وإذا بالبابا يقول اتركوه تعالي يا ابني وعندما وصل هذا الشاب لقداسته قال ياسيدنا انت اعطيتني 200 جنيه وليس 20 جنيها وانا كنت راجع لتكون غلطان وارجعلك الباقي وهنا جذبه سيدنا وهمس في أذنه عارف إنهم 200جنيه هيكفوك ولا عايز تاني! أيضا أحدث معجزة أن الكنيسة وزعت نتيجة هذا العام ولم يكن مكتوب فيها يوم 17 مارس 2012 مع ان يوم 17 مارس موجود في جميع الشهور . نشر بتاريخ 26 / 3/ 2012