بقبول المستشار محمد أمين المهدي، رئيس مجلس الدولة الأسبق، تولي وزارة العدل في حكومة الدكتور حازم الببلاوي، يكون المهدي أول وزير للعدل في تاريخ مصر ينتمي لهيئة مجلس الدولة وليس للقضاء العادي. ورغم معارضة شباب نادي القضاة لتولي «المهدي» الوزارة لكونه من أنصار التمسك بعرف إسناد الحقيبة لأحد أبناء هيئة القضاء العادي، الأكثر عددًا بين جميع الهيئات القضائية، إلا أن اختيار المهدي لقي ترحيبًا واسعًا بين شيوخ القضاة في جميع الهيئات، باعتباره من أبرز القامات القانونية المرموقة في تاريخ القضاء المصري.
وكان محمد المهدي تولى رئاسة لجنة حماية الحرية الشخصية، التي كانت أول لجنة شكلها الرئيس المعزول محمد مرسي في 4 يوليو 2012، لبحث ملفات المدنيين المعتقلين والذين تتم محاكمتهم أمام القضاء العسكري تمهيدًا للإفراج عنهم.
وأسفر عمل لجنة «المهدي» عن الإفراج عن جميع المدنيين المحاكمين أمام القضاء العسكري، كما كان من نتائج عمل اللجنة صدور قرار جمهوري بالعفو الشامل عن بعض الجرائم المرتكبة أثناء ثورة 25 يناير، فيما عدا جنايات القتل العمد.
وتميزت أحكام المهدي خلال مسيرته القضائية بمجلس الدولة بالقوة المهنية والجرأة والموضوعية وإحكام الصياغة.
وكان محمد المهدي أول من نبه لضرورة محاسبة رموز نظام حسني مبارك بمن فيهم الرئيس المخلوع سياسيا، وفق القانون 274 لسنة 1956 بشأن محاكمة رئيس الجمهورية والوزراء.
وفي عهد الرئيس المعزول محمد مرسي، كان المهدي على رأس القانونيين الذين هاجموا إعلان 21 نوفمبر، حيث قال في تصريحات ل«الشروق» في 26 نوفمبر إن «الإعلان يشككنا في سلامة الاستفتاء والانتخابات القادمة، وأن تحصين قانوني الاقتراع قد يكون مقدمة لإلغاء الرقابة القضائية على الصناديق كما حدث في 2007، وأن قرارات مرسي تفتقر لسمات الإعلان الدستوري ووصفها بذلك يهدف للهروب من الرقابة القضائية والالتفاف على حقيقة أن إعلان 30 مارس هو الوثيقة الدستورية الشرعية الوحيدة الناشئة عن ثورة يناير».