أثار اختيار وزير التربية والتعليم، إبراهيم غنيم، عددا من أعضاء جماعة الإخوان ليتولوا عدة مناصب قيادية فى الوزارة وفى المديريات التعليمية العديد من الانتقادات من قبل المعلمين والتربويين، واتخذت هذه القيادات العديد من القرارات التى كانت محل انتقاد التربويين. وكان من أبرز من استعان بهم غنيم فى ديوان الوزارة محمد السروجى، المتحدث الإعلامى للوزارة، وكان عضوا بمجلس ادارة مدرسة خاصة تتبع جماعة الإخوان، والمهندس عدلى القزاز مستشار الوزير لتطوير التعليم، أحد قيادات حزب الحرية والعدالة، والدكتور عماد البعلى، مستشار الوزير للتعاون الدولى أحد المسئولين عن التنظيم الدولى لجماعة الاخوان، وحمدى عبدالحليم ليصبح رئيس مجلس إدارة المعاهد القومية.
ومحمد فؤاد جاد الله مستشارا قانونيا للوزير، وهو شقيق مستشار رئيس الجمهورية للشئون الدستورية والقانونية سابقا، وأحمد المصرى ذو الانتماء السلفى ليصبح رئيسا لقطاع الكتب.
وعين الوزير فى المديريات التعليمية حسن العيسوى، عضو حركة معلمون بلا نقابة السابق، ليتولى منصب مدير إدارة العامرية بالإسكندرية، وتصعيد الإخوانى محمد السمنى، مديرا لإدارة إدكو التعليمية، وتعيين عادل سعد لاشين ابن قطب الاخوان بالشرقية سعد لاشين، ليصبح رئيسا للمكتب الفنى بمديرية الشرقية التعليمية، وتعيين الإخوانى أحمد عبدالمقصود، المشرف على المدارس القومية العربية الخاصة موجها أول بإدارة كفر صقر التعليمية، وسعد السيد أحمد الشربينى، مديرا للمديرية بدمياط.
ومن أهم القرارات التى اتخذها وزير التعليم ومستشاريه تغيير نظام تأليف وطباعة الكتب مما أثار حفيظة العديد من دور النشر والمطابع خاصة الصغيرة منها، واتهموا الوزير بإعطاء امتياز لدور النشر الإخوانية على حقوق التأليف والطبع.
وكان للتعديلات التى أعلنتها الوزارة على الصف الثالث الثانوى من العام المقبل، ردود فعل واسعة بين المعلمين والطلاب، الذين رفضوا تعديلات زيادة درجات عدد من المواد وجعل مواد أخرى غير مضافة للمجموع، وتحويل الثانوية العامة إلى سنة واحدة، وهو ما كان محل نقاش بين وزارتى التربية والتعليم والتعليم العالى حتى وقت قريب ولم يستقروا على ملامحه النهائية حتى الآن.
وعلى الجانب الآخر كشف الوزير ومستشاروه العديد من ملفات الفساد بالوزارة أبرزها كان ملف فساد المعاهد القومية، والتى تقدر أصولها بأكثر من 60 مليار جنيه، وقام بحل مجلس الإدارة القديم، واستطاع توفير أموال من ميزانية الوزارة من خلال اختصار الهيكل التنظيمى للوزارة من 7 قطاعات إلى 3 قطاعات. وقال عدد من موظفى الوزارة إنهم اعتادوا مع كل وزير جديد أن يتم تعيين مستشارين ورؤساء قطاع جدد، وبالتالى فهم يتوقعون رحيل قيادات الوزارة خاصة بعد تقديم الوزير استقالته منذ أيام، وتعيين قيادات جديدة بعيدة عن الإخوان مع الإعلان عن اسم الوزير الجديد.