وافق الأنبا باخوميوس القائم مقام البطريرك على بناء متحف كبير لمقتنيات البابا شنودة الثالث فى دير الأنبا بيشوى بصحراء وادى النطرون. كما وافق الأنبا باخوميوس، على نقل الجثمان إلي مزار جديد مجاور للمتحف أوسع من المزار القائم على ان يكون أفتتاحه فى الذكرى السنوية الأولى لرحيل البابا .
جاء ذلك بمبادرة من عدد من أعضاء المجمع المقدس وبموافقة الأنبا صرابامون رئيس دير الانبا بيشوى بوادى النطرون.
يضم المتحف بعض الملابس الكهنوتية الخاصة بالبابا وعصاه التى يستخدمها فى كل تحركاته، إلي جانب شهادات الدكتوراة الثمانية التى حصل عليها من عدة جامعات دولية وبعض الجوائز الهامة منها جائزة اليونسكو من فرنسا وجائزة حقوق الإنسان من ليبيا.
كما يضم المتحف الاف الصور الفوتوغرافية التى جمعته بكبار رجال الدولة وعدد من الشخصيات العالمية مثل الرئيس الاسبق جيمى كارتر والرئيس الامريكى الحالى باراك اوباما وعدد من الرؤساء العرب .وسيكون المدفن الجديد بمثابة مزار كبير يسمح للآلاف من محبيه بزيارته دون ازدحام.