أوصى المؤتمر الثاني لأعضاء هيئة التدريس بالجامعات المصرية بضرورة تغيير جميع القيادات الجامعية الحالية وفق جدول زمني محدد، منوهين بأنه سيتم تكوين لجنة من المجتمعين للإعداد لتنظيم اعتصام عام لأعضاء هيئة التدريس بكل جامعة في مكتب رئيسها، اعتبارا من 15 يوليو المقبل، إذا لم يتم بدء العملية الانتخابية وفق جدول زمني. وناشد المشاركون، المجلس الأعلى للقوات المسلحة بضرورة اتخاذ التدابير والإجراءات اللازمة لإعادة تشكيل الإدارات الجامعية من رؤساء الأقسام وعمداء ووكلاء الكليات ورؤساء الجامعات ونوابهم. وطالب المؤتمر بزيادة ميزانية البحث العلمي في مصر، واستغلال الأبحاث في خدمة القضايا المختلفة التي تسهم في تحقيق التنمية والتقدم للوطن، بالإضافة إلى إعداد نخبة من الكوادر العلمية المتخصصة في مختلف المجالات، ورفع درجة الاهتمام بمجال البحوث التطبيقية إلى جانب النظرية. وأكد المؤتمر، الذي نظمه أعضاء هيئة التدريس بجامعة الإسكندرية، أهمية استقرار الجامعة وتأدية الواجبات المنوطة بها من قبل أعضاء هيئة التدريس، ودورهم في تطوير ودراسة البحث العلمي، وبناء اقتصاد المعرفة والطاقات الفكرية في الدولة، وبث روح الحيوية والنشاط في حياة الفرد والجماعة، خاصة أن البحث العلمي هو الهدف الذي يسهم في خدمة المجتمع والفرد.