ادخل بنك مصر خدمة سداد الضرائب والجمارك الكترونيا وذلك بالتعاون مع المسئولين عن السداد الالكتروني لمدفوعات الحكومة والهيئات الحكومية بوزارة المالية، هذا ويتيح البنك خدمة سداد الضرائب والجمارك الكترونياً من خلال شبكة من الفروع "170 فرعاً" منتشرة في جميع أنحاء الجمهورية. ومن المزايا التي تمنحها خدمة سداد الضرائب للأفراد والمؤسسات، تجنيب العميل المخاطر وتبسيط عملية السداد، وذلك عن طريق السداد المباشر لحساب العميل، مع إعطاء العميل مستند يفيد قيامه بالسداد.