أكد خبير الآثار الدكتور عبد الرحيم ريحان مدير عام البحوث والدراسات الأثرية والنشر العلمى بجنوب سيناء بوزارة السياحة والآثار أن مسجد الرفاعى و جامع السلطان حسن والجمع بينهما كل يواجه الآخر يعد معجزة معمارية متفردة يحرص على مشاهدتهما كل زائر لمصر. وقد اختارت خوشيار هانم موقع الجامع ربما لأنه كان مقابلًا للسلطان حسن أو لأنه كان زاوية للشيخ الرفاعى لا أحد يعلم السبب الحقيقى لهذا الاختيار لكن الواقع أنها اختارته و اشترت الأرض و المبانى المجاورة له. وأضاف:خوشيار هانم أوكلت إلى «حسين باشا فهمي» وكيل الأوقاف آنداك بناء مسجد كبير بدلاً من المسجد الصغير ليكون مدفنًا لها ولأسرتها، بالإضافة إلى قبتين للشيخ «على بن أبى شباك»، والشيخ «يحيى الأنصاري»، وبدأ «حسين باشا فهمي» العمل فى المسجد. ولكن توقف عام 1885 م بسبب وفاة خوشيار هانم، وقام «هوتس باشا» باستكمال بنائه عام 1905، وتم افتتاح المسجد عام 1330ه- 1912م. وذلك طبقًا لدراسة أثرية للباحثة نورهان نبيل مصطفى ماجستير فى الآثار الإسلامية. وألقى ريحان الضوء على هذه الدراسة موضحًا أن تخطيط المسجد وطرازه المعماري، وضخامته يواكب كنائس آيا صوفيا والكاتدرائيات المسيحية فى روما، والتقسيم الثلاثى الذى طغى على أغلب أجزاء المسجد فنجده فى تخطيط بيت الصلاة، والواجهات قسمت كل منها إلى ثلاثة أقسام. ويعتبر المسجد متحفًا مفتوحًا يعكس تاريخ العمارة الإسلامية فى مصر. وينوه الدكتور ريحان من خلال الدراسة إلى أن الغرض من تشييد الجامع ليضم مقابر الأسرة العلوية، حيث دفنت به زينب هانم، والملك فاروق آخر ملوك مصر. ولفت الدكتور ريحان إلى أن قبر جنانيار هانم زوجة الخديوى إسماعيل المصمم على الطراز المسيحى، يعلوه صليب وأسفله آيات قرآنية، ويرجع السبب فى وجود تلك الصلبان إلى أنها مجرد زخارف فى نظر الفنان يقسم بها المساحات الهندسية.