منذ ان تولى البابا تواضروس الثانى بطريرك الكرازة المرقسية وبابا الاسكندرية سدة كرسى مارمرقس واخذ على عاتقه اصلاح بعض الامور العالقة والتى تركها البابا شنودة الراحل منها قضية دير ابو مقار بوادى النطرون حيث كان هناك خلاف قائم بين البابا شنودة الثالث والاب متى المسكين رئيس الدير. بداية الاتهام بدأت أول محاولة اتهام الأب متى المسكين بالهرطقة فى عام 1955 عندما كلفه البابا يوساب بالعمل كوكيل للبطريركية فى الإسكندرية، ومنذ عام 1959 بدأت تهمة الهرطقة تأخذ شكلا أكثر قوة وعنفا وذلك عندما تولى الاتهام أبونا أنطونيوس السريانى (الأنبا شنودة). وعند الترشيح للبطريركية لم تكن تهمة الهرطقة الموجهة ضد أبونا متى بذات قيمة ، وهنا تدخلت السياسة حيث كانت حكومة السادات تساند التحالف المكون من الأنبا صموئيل والأنبا شنودة. أبعد أبونا متى من قائمة الترشيح بطرق ملتوية غير قانونية وغير مشروعة تحت إشراف الأنبا أثناسيوس رئيس لجنة الانتخابات. وعندما رفع الأقباط قضية فى مجلس الدولة لعدم قانونية الترشيح، تأجلت القضية مرات إلى أن تمت الانتخابات ثم الرسامة، فسحب المحامون الأقباط القضية من مجلس الدولة. العلاقه بين البابا والأب متى الأب متى المسكين هو مثال مضىء فى تاريخ الرهبنة» هذه العبارة كتبها نظير جيد فى مقدمة كتاب «حياة الصلاة الأرثوذكسية» للأب متى المسكين، الا ان العلاقة بين البابا والراهب شهدت ترجحا بالرغم من ان العلاقة بين البابا «نظير جيد» و«الراهب متى المسكين او يوسف اسكندر» علاقة قديمة ترجع الى خدمتهم سويا «بمدارس الاحد». فقد كان الاب متى المسكين ذلك الصيدلى الذى باع كل ممتلكاته من أجل هذه الحياة بل هو من أقنع «نظير جيد» خريج كلية الآداب بأن يلتحق بحياة الرهبنة ليصبح بعد ذلك البابا شنودة أشهر باباوات العصر الحديث وزاملهم على ذات الطريق الأنبا صموئيل وهو أسقف الخدمات والذى قتل مع السادات فى حادث المنصة المعروف. وبدأ الخلاف بين متى المسكين والبابا شنودة منذ اللحظة التى ترك فيها (الأنبا شنودة) مغارة التوحد فى وادى الريان وعودته إلى دير السريان وبعدها رسمته أسقفا للتعليم فى 30 سبتمبر 1962.. والخلاف بين البابا شنودة و«متى المسكين»، خاصة أنه خلاف امتد من الجوانب العقائدية والفكرية ليشمل الجوانب الشخصية كما قام البابا باصدار كتاب بدع حديثة الذى ينتقد فيه البابا بعض افكار «الاب متى»، الا انه وحتى وفاة الاب متى لم توجه له اى اتهامات بالخروج عن الكنيسة وكانت هناك قطيعة بين البابا والدير الذى يرأسه الاب متى ولم يذهب البابا للدير الا بعد وفاة الاب متى المسكين وقام وقتها بإلباس بعض الرهبان «القلنسوة المشقوقة» فيما رفض آخرون الخروج ومقابلة البابا. واتخذ «الاب متى» منهجا خاصا به يتمركز على عدة اسس منها ان الكنيسة ليست مؤسسة الأقباط أو جامعة الدين والهوية، وأن المسيحية ليست جنسية قومية بديلة، وضرورة ضبط الحدود بين الطقوس الدينية والأدوار السياسية. ومع اتساع هوة الخلاف بين البطريك والسادات بسبب بعض سياسات الأخير وتمدد الظل الدعوى والخدمى للكنيسة وازدياد وتيرة الاضطرابات الطائفية بالإضافة إلى الموقف من تقنين الشريعة واتفاقية السلام مع إسرائيل، تدخل «الأب متى» وكتب عدة مقالات ولقاءات صحفية عن هذه القضايا وتم استدعاء أفكاره وكتاباته عن ضوابط الدور الدينى والخدمى للكنيسة لتصدر من قبل الأجهزة الرسمية للإيحاء أنه بجانب الخلاف السياسى هناك انحراف عن المسار الذى يجب أن يكون.. وتم التلويح بالأب متى لخلافه البابا بحسبانه الزعيم المعارض والمصحح الدينى لمسار الكنيسة، الا ان «الاب متى» رفض وظل فى محاولات للتوفيق بين البابا والرئيس السادات. وبعد وفاة الاب متى المسكين زار البابا شنودة دير القديس ابو مقار لاول مرة منذ عقود واستمر يشرف على الدير حتى نياحته. تواضروس والدير وقع البابا تواضروس الثانى، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، فى دفتر زيارات دير ابو مقار قائلا: سعدت فى هذا اليوم المبارك بزيارة دير ابو مقار العامر ببرية وادى النطرون وقمت بزيارة كنائس الدير والمكتبة والمطبعة والمرافق الخاصة به. وأضاف: كما سعدت بأن يكون هذه العام الأول لتذكار رسامة أخى الانبا ابيفانيوس رئيسا للدير ضمن السيمات التى قام بها ضعفى فيما قال مصدر كنسى إن البابا التقى برهبان الدير فى اجتماع مغلق تحدث فيه عن محبة رهبان الدير للكنيسة. وقال إن الدير هو فخر الرهبنة ومنارة للكنيسة، مشيرا الى أن الرهبان غير المصريين يحضرون خصيصا من بلدان العالم لدير ابو مقار للتعلم فيه.. واستطرد قائلا : الدير قد مر بفترة صعبة لكننا نعرف محبة رهبان الدير وخدمتهم للكنيسة.. وفى إطار زيارته قام بعمل تسبحة نصف الليل مع مجمع رهبان دير ابى مقار وتوجه بعدها لتفقد أحوال الدير، ونال بعض الآباء رهبان الدير الكهنوت على يديه، وهم أبونا برسوم وأبونا بفنتيوس وأبونا موسى وأبونا أورانيوس وأبونا بسخيرون وأبونا دوماديوس. ورافق البابا فى زيارته رؤساء الأديرة وأعضاء المجمع المقدس منهم الأنبا صرابامون رئيس دير الأنبا بيشوي، الأنبا متاؤوس رئيس دير العذراء السريان، الأنبا ايسيذورس رئيس دير العذراء البراموس، الأنبا يسطس رئيس دير الأنبا انطونيوس البحر الأحمر والانبا كيرلس رئيس دير مارمينا مريوط.
