أثارت الدعوة التي أطلقها “مجمع كهنة الإسكندرية” لاستبعاد بعض الأساقفة والرهبان من الترشح لخوض انتخابات البابوية، جدلاً واسعاً داخل الكنيسة المصرية خاصة بعدما أصدر “الاتحاد العام لأقباط من أجل الوطن” بياناً أكد فيه رفضه لدعوة مجمع الكهنة، وشدد على أن اختيار البطريرك بوصفه رئيساً لأساقفة الإسكندرية، لا يخص أقباط الإسكندرية وحدها، بل يمتد إلى مختلف أنحاء العالم. وطالب الاتحاد بوقف حملة جمع التوقيعات داخل الكنائس التي يقودها كهنة الإسكندرية حول منع ترشيح أساقفة الإبراشيات على الكرسي البابوي، لمخالفتها لقرارات المجمع المقدس الصادرة وللائحة الانتخابات البطريرك المعمول بها وقانون الكنيسة. أصدر كهنة مدينة الإسكندرية، بحضور القمص رويس مرقس، وكيل عام البطريركية بالإسكندرية، بيانًا موقعًا من 156 كاهنًا؛ بينهم عدد من كهنة المهجر، يعربون خلاله عن رفضهم بالإجماع ترشيح أي من أساقفة الإبراشيات لمنصب أسقف الإسكندرية أو البطريرك القادم للكنيسة، «حتى لو كانت لائحة 1957 الخاصة بانتخاب البطريرك تسمح بذلك. وأوصى بيان موقع من 156 كاهنا بمدينة الإسكندرية بحذفهم من الانتخابات وأرسلوا نسخة منه إلى الأنبا باخوميوس القائم مقام البابا، والمجمع المقدس، بتمديد فترة القائم مقام البابا لحين استقرار الأمور والوصول لرأي واحد بشأن انتخاب البطريرك الجديد ،ملمحين إلي إمكانية التصعيد بهدف قصر الترشح علي الآباء الرهبان فقط.