محمد بديع وصل منذ قليل محمد بديع ومحمد البلتاجي ومحمد سعد الكتاتني و19 أخرين من قيادات جماعة الإخوان لمحكمة جنايات القاهرة والمنعقدة بأكاديمية الشرطة بالقاهرة الجديدة، برئاسة المستشار شعبان الشامي لمحاكمتهم فى قضية اقتحام السجون المعروفة إعلاميًا باسم "الهروب من سجن وادى النطرون"، المتهم فيها الرئيس الأسبق الدكتور محمد مرسى، و130 متهمًا من قيادات جماعة الإخوان المسلمين، وأعضاء التنظيم الدولي، وعناصر من حزب الله اللبناني وحركة حماس. وتضم قائمة المتهمين فى القضية 131 متهمًا من بينهم الرئيس الأسبق وعدد من قيادات جماعة الإخوان المسلمين، وعلى رأسهم المرشد العام للجماعة محمد بديع ونائبه محمود عزت وسعد الكتاتنى وعصام العريان وصفوت حجازي، بالإضافة إلى عناصر أخرى. كما تضم القضية 22 متهمًا محبوسًا بصفة احتياطية، فى حين يحاكم بقية المتهمين بصورة غيابية باعتبارهم هاربين، ومن ضمنهم عناصر من حركتي حماس وحزب الله.