رغم طلبه من قبل المحكمة الدولية للتحقيق بإعتباره متورط فى جرائم إبادة فى إقليم دارفور وتوصيفه ك«مجرم حرب»، الإ أنه على مايبدو وأن «عمر البشير» الرئيس السوادنى، يصر على تأكيد الإتهامات التى طالته سواء بإرتكاب جرائم قتل أو مساعدة ودعم جماعات إرهابية مسلحة خارج السودان وداخلها. حيث طالبت الحكومة الليبية فى الساعات الأولى من صباح اليوم، الملحق العسكري السوداني في طرابلس مغادرة البلاد، في أعقاب اتهامات من قيادات عسكرية أكدت تورط الخرطوم في دعم فصائل عسكرية متحاربة في البلاد. وقال بيان للحكومة «إن طائرة نقل عسكرية سودانية متجهة إلى مطار معيتيقة الخاضع لسيطرة جماعات مسلحة دخلت مجالها الجوي». الأتهامات الليبية للحكومة السودانية بالتورط في دعم جماعات مسلحة ليست جديدة فلقد اتهمت عدة أطراف خارجية بدعم الخرطوم جماعات إرهابية. تلقت الحكومة السودانية ايضا انتقادات حادة لدعمها جماعة الاخوان المسلمين في مصر بعد أن أشارت تقارير صحفية أن مسؤولين مصريين أكدوا إن الأجهزة الأمنية رصدت معسكرات تدريب تنظيمات إرهابية على الأراضي السودانية. التقارير أشارت أيضا إلى أن الخرطوم استقبلت أعضاء من جماعة الأخوان المسلمين. نفت الحكومة السودانية تلك التقارير وأكدت حرصها على أمن واستقرار مصر مؤكدة أنها لم تتدخل في الشان المصري. إسرائيل اتهمت السودان مرارا وتكرارا بإستخدام حركة حماس وحزب الله أراضيها لنقل السلاح إلى فطاع غزة عبر سيناء ووجهت ضربات جوية لأهداف في السودان قالت انها تتبع لحركة حماس. ودمرت طائرات عسكرية أجنبية في يناير 2009 قافلة أسلحة مكونة من 17 شاحنة قرب مدينة بور سودان، شمالي البلاد، بالقرب مع الحدود المصرية. واعترفت الخرطوم بتدمير القافلة، ورجحت مصادر أمنية سودانية في حينه، أن رتل الشاحنات كان في طريقه إلى حركة حماس في قطاع غزة، عبر شبه جزيرة سيناء. الحكومة السودانية شكلت مع مصر قوة عسكرية لمراقبة الحدود ومنع التهريب إلى مصر في خطوة رأها الكثيرون أنها قد تساهم في خفض الأتهامت للخرطوم . وأعلن السودان في فبراير 2007 أنه أقام معسكرات تدريب عدة في البلاد لتدريب عناصر للقتال في فلسطين، وذلك بناء على تعليمات من الرئيس عمر البشير، وفق ما ذكر مدير قوات الدفاع الشعبي السودانية آنذاك، أحمد عباس. وقصفت طائرات أميركية في أغسطس 1998 مصنع الشفاء للأدوية وسط الخرطوم، بحجة تخزين أسلحة نووية بدخله، وهي التهمة التي نفتها السلطات السودانية. وكان السودان ملاذا لزعيم تنظيم القاعدة أسامة بن لادن من عام 1991 إلى 1996، حيث بدأ الرجل في تكوين التنظيم سرا، تحت عباءة العمل في مشاريع استثمارية في البلاد.