رفضت قيادات الكنيسة الارثوذكسية حكم القضاء الإداري الأخير الذي يلزم البابا شنودة باصدار تصاريح الزواج الثاني استنادا حكم المحكمة إلي لائحة 1938 التي لا يتم العمل بها مؤكدين أن حكم المحكمة الإدارية العليا بمجلس الدولة جانبه الصواب لمخالفته لثوابت الكنيسة ولما جاء به الكتاب المقدس "الإنجيل". قال الأنبا بسنتي أسقف حلوان والمعصرة إن لائحة عام 1938م والتي أقرتها الكنيسة في الماضي والتي استندت إليها المحكمة الإدارية العليا في حيثياتها عند صدور حكمها بأحقية المسيحي المطلق في الزواج الثاني والزام الكنيسة اصدار تصريح له، أن الكنيسة ترفض هذه اللائحة ولا تتعامل معها مطلقا..وأضاف بسنتي إن الحكم الصادر حكم مدني من محكمة مدنية ولكن الكنيسة هي التي تزوج فإذا كان الحكم الصادر متطابقا مع تعاليم الدين وما جاء في الكتاب المقدس "الإنجيل" أخذنا به وأجزناه وما كان مخالفا رفضناه. وأوضح بسنتي أن الكنيسة لا تحتكم لغير الكتاب المقدس في أمورها ولا تأخذ إلا بماء جاء فيه من تعاليم بنص سماوي. علي جانب أخر قال كمال زاخر المفكر القبطي أن الكنيسة ليست جهة تشريعية، فكان من الواجب عليها أن تتقدم بمشروع للدولة ليأخذ مشروعية التشريع موضحا أن المجلس المحلي في عام 2008 قام بإجراء تعديلات علي لائحة 1938وتم نشرها في الجرائد الرسمية لتأخذ صيغة المشروعية ولكن ظل الوضع كما هو عليه، وأن الكنائس المصرية مجتمعة تقدمت بمشروع قانون موحد خاص بالأقباط المصريين إلي وزارة العدل لكي تدفعه الوزارة في قنواتها التشريعية ويتم العمل به ولكن حتي الآن حبيس الادراج في الوزارة، وربما يكون هذا هو السبب في هذا الصدام الحالي بين القضاء والكنيسة.