أدانت منظمات ونشطاء حقوق الإنسان التصريحات المسيئة التي أدلي بها البابا بنديكت السادس عشر بابا الفاتيكان ضد الإسلام واعتبروها اعتداء ساخرا علي حرية العقيدة التي تكفلها المواثيق الدولية لحقوق الإنسان، لكنها حذرت في الوقت نفسه من قيام بعض الأطراف باستغلال ذلك في القيام بأعمال عدائية ضد الأقباط الكاثوليك. واستنكر مركز سواسية لحقوق الإنسان ومناهضة التمييز في بيان له تصريحات بابا الفاتيكان والذي يعتبر أعلي مرجعية للكاثوليك في العالم وما ذكره عن الإسلام ورسوله صلي الله عليه وسلم والتي خالفت أصول اللباقة والدبلوماسية، وخرجت علي منهج سلفه الراحل البابا يوحنا بولس الثاني ومنهج الكنيسة الكاثوليكية في قيادة الحوار بين الأديان. وأوضح البيان أن الادعاء بأن الإسلام اعتمد علي القوة والعنف في نشر دعوته مخالف للحقيقة والواقع والتاريخ، فالإسلام لم يلجأ إطلاقا للعنف لإرغام الناس علي اعتناقه بل حرم القرآن الكريم ذلك صراحة. وأكد معتز الفجيري مدير البرامج بمركز القاهرة لحقوق الإنسان أنه يجب أن ننظر لتصريحات البابا في سياقها السياسي وليس الديني. وقال حسام بهجت مدير المبادرة المصرية للحقوق الشخصية إن موقف البابا سيشعل مرة أخري التوترات الطائفية في مصر.. ومن جانبه أكد سعيد عبدالحافظ رئيس ملتقي الحوار للتنمية وحقوق الإنسان أن تصريحات بابا الفاتيكان المعادية للإسلام والرسول تمثل انتهاكا واضحا وصريحا لحرية العقيدة وقبول الآخر وقيم التسامح، وعلي الجانب الآخر أكد أحمد سميح رئيس مركز الأندلس للتسامح الديني أن ما نسب من تصريحات لبابا الفاتيكان غير صحيح بالمرة، فلقد تم الاطلاع علي نص الخطاب باللغة الإنجليزية من موقع جامعة بون والتي كان يلقي فيها محاضرته كما تم الاطلاع أيضا علي مقتطفات من الترجمة العربية لنص الخطاب من موقع BBC العربي ولم تكن هناك أي إساءة واضحة للإسلام. كما ادان مجمع البحوث الاسلامية تصريحات البابا واكد انه اعتمد علي كلام لقيصر موتور في القرن الرابع عشر دون دراسة القرآن الكريم وسنة رسول الله صلي الله عليه وسلم وما عليه جماهير المسلمين حيث سيري ان هناك نفيا قاطعا لكل هذه المفتريات