ذكرت تقارير صحفية عبرية أن إسرائيل قلقة من تعيين جون كيري وزيرا للخارجية الأمريكية لما يحمله من مواقف معارضة للسياسة الإسرائيلية في القضية الفلسطينية، وخاصة الاستيطان. ونقلت صحيفة "يديعوت احرونوت" عن مسئولين إسرائيليين "صحيح أن كيري يعتبر صديقا لإسرائيل، لكنه ليس كغيره من الأمريكيين الذين يظهرون مواقفهم الداعمة مع إسرائيل في مجلس الشيوخ، نقلا عن وكالة "سما" الفلسطينية.
و أضافت إن مواقفه في القضية الفلسطينية واضحة ضد السياسة الإسرائيلية فيما انتقاداته للاستيطان "حادة جدا".
ويكمن القلق الإسرائيلي في إن تكون أولى خطوات كيري في المنطقة دعم القضية الفلسطينية. وبحسب المسئولين الإسرائيليين، فان كيري سيسعى إلى التأثير على العملية السياسية وممارسة ضغوط كبيرة على إسرائيل لتحريكها، وهو جانب سيساعده في ترك بصمات له في الخارجية الأمريكية، على حد اعتقاد الإسرائيليين.
وكان كيري قد زار إسرائيل مرات عدة، وابرز خلال لقائه قادتها السياسيين والأمنيين مواقفه المتناقضة لسياسة الحكومة الحالية ورئيسها بنيامين نتنياهو.
وفي خلال زيارة نتنياهو عام 2009 إلى واشنطن، تعرض لهجوم شديد من قبل كيري سبب له الإحراج، وذلك على خلفية مشاريع البناء الاستيطاني في الضفة الغربية.