عقدت هيئة كبار علماء الأزهر الشريف أول اجتماع لها في إطارها القانوني وتشكيلها الجديد الذي يعيد الأوضاع في الأزهر الشريف إلى ما كانت عليه، وذلك في ضوء تعديل قانون الأزهر رقم 103 لسنة 1961. وتناول الاجتماع الذي عقد صباح اليوم الأربعاء 18 من شهر شوال عام 1433ه الموافق الخامس من سبتمبر عام 2012، مناقشات طويلة معمقة حول تشكيل الهيئة ومهامها القانونية وحول مبدأ الاستقلال التام للأزهر حتى يؤدى بكفاءة دوره في المجالات الثلاثة التي عرف بها ونهض بأعبائها منذ أكثر من ألف عام، وهي مجال الوطنية المصرية ومجال الأمة العربية والإسلامية، ثم مجال الدعوة العالمية الإنسانية. كما نوقش في هذه الجلسة توزيع العمل بين الهيئة الموقرة وبين مجمع البحوث الإسلامية، وطرق استكمال العضوية وسير العمل فيهما. وتطرقت الهيئة في اجتماعها إلى ما نصح به الأزهر بشأن المادة الثانية في الدستور الجديد المقترح، والمادتين المستحدثتين برقم 3و4 في هذا الدستور، بشأن استقلال الأزهر الشريف باعتباره أحد المقومات الأساسية للمجتمع والدولة المصرية. وأيدت هيئة كبار العلماء بقاء المادة الثانية في الدستور المقترح كما هي في دستور 1971 دون زيادة أو نقص، إضافة إلى المادة المستحدثة الخاصة بتقرير استقلال الأزهر الشريف ونصها أن "رأي هيئة كبار العلماء هو الفيصل عند الاختلاف في كل ما يتعلق بالشريعة الإسلامية"، وقد استظهرت الهيئة أن مبادئ الشريعة الإسلامية تشمل أدلتها الكلية، وقواعدها الفقهية والأصولية المعتبرة في مذاهب أهل السنة والجماعة. وكذا المادة التي تقرر أن "للمصريين المسيحيين واليهود التحاكم إلى مبادئ شرائعهم فيما يتعلق بأحوالهم الشخصية، وشعائرهم الدينية، واختيار قياداتهم الروحية". وفي ختام اجتماعهم، عبر المجتمعون عن ثقتهم الكاملة في فضيلة الإمام الأكبر شيخًا للأزهر الشريف ورئيسًا لهيئة كبار العلماء.