أيدت هيئة كبار العلماء بقاء المادة الثانية في الدستور المقترح كما هي في دستور 1971 دون زيادة أو نقص، إضافة إلي المادة المستحدثة الخاصة بتقرير استقلال الأزهر الشريف أن "رأي هيئة كبار العلماء هو الفيصل عند الاختلاف في كل ما يتعلق بالشريعة الإسلامية" وقد استظهرت الهيئة أن مبادئ الشريعة الإسلامية تشمل أدلتها الكلية، وقواعدها الفقهية والأصولية المعتبرة في مذاهب أهل السنة والجماعة. كما أقرت الهيئة المادة الخاصة بغير المسلمين والتي جاء فيها : "للمصريين المسيحيين واليهود التحاكم إلي مبادئ شرائعهم فيما يتعلق بأحوالهم الشخصية، وشعائرهم الدينية، واختيار قياداتهم الروحية" وستواصل الهيئة الموقرة المهام الموكلة إليها فيما يتعلق بخدمة الأزهر، والأمة الإسلامية والإنسانية كافة.
وكانت هيئة كبار علماء الأزهر الشريف صباح اليوم الأربعاء 18 من شهر شوال عام 1433ه الموافق الخامس من سبتمبر عام 2012 ميلادية، أول اجتماع لهيئة كبار علماء الأزهر الشريف في إطارها القانوني وتشكيلها الجديد الذي يعيد الأوضاع في الأزهر الشريف إلى ما كانت عليه، وذلك في ضوء تعديل قانون الأزهر رقم 103 لسنة 1961.
وبعد مناقشات طويلة معمقة تناولت ما حدده القانون بشأن تشكيل الهيئة ومهامها القانونية وحول مبدأ الاستقلال التام للأزهر حتى يؤدى بكفاءة دوره في المجالات الثلاثة التي عرف بها ونهض بأعبائها منذ أكثر من ألف عام، وهي مجال الوطنية المصرية ومجال الأمة العربية والإسلامية، ثم مجال الدعوة العالمية الإنسانية.
وقال فضيلة الإمام الأكبر الدكتور احمد الطيب، شيخ الأزهر رئيس الهيئة، أننا ناقشنا ما ينصح به الأزهر بشأن المادة الثانية في الدستور الجديد المقترح، والمادتين المستحدثتين برقم 3و4 في هذا الدستور، بشأن استقلال الأزهر الشريف باعتباره أحد المقومات الأساسية للمجتمع والدولة المصرية.
وأضاف :"الأزهر إذ بدأ ينطلق - بحمد الله - منذ ما يقرب من عامين في هذه الدوائر والمجالات الثلاثة بفاعلية عالية، كما عهدت الأمة من أئمته وشيوخه طوال هذه القرون، وبما يبشر بمستقبل زاهر - إن شاء الله - فقد ناقش في هذه الجلسة توزيع العمل بين الهيئة الموقرة وبين مجمع البحوث الإسلامية، وطرق استكمال العضوية وسير العمل فيهما."
وقد أعلن المجتمعون ثقتهم الكاملة في فضيلة الإمام الأكبر شيخًا للأزهر الشريف ورئيسًا لهيئة كبار العلماء، كما تتوجه الهيئة إلي السيد رئيس الجمهورية بالشكر والتقدير بتفضله بالحضور في الملتقى الأول للهيئة في السابع عشر من شهر رمضان المبارك الماضي
حضر الاجتماع الأول لهيئة كبار العلماء، كل من الدكتور على جمعة، مفتى الجمهورية، والدكتور نصر فريد واصل، مفتى الجمهورية الأسبق، والدكتور محمود حمدي، زقزوق، وزير الأوقاف الأسبق، والدكتور محمد عبد الفضيل القوصى، وزير الأوقاف السابق، والدكتور عبد الله الحسيني، وزير الأوقاف الأسبق، والدكتور محمد رأفت عثمان، والدكتور طه أبو كريشة، والدكتور أحمد عمر هاشم، والدكتور إسماعيل الدفتار، والدكتور محمد عمارة، والدكتور الأحمدي أبو النور، والدكتور محمد المختار المهدي، والشيخ محمد الراوي، والدكتور حسن الشافعي، والدكتور عبد الرحمن العدوى، أحمد معبد عبد الكريم أستاذ الحديث بكلية أصول الدين. مواد متعلقة: 1. المجلس العسكري يصدر قرارا بتشكيل هيئة كبار العلماء برئاسة شيخ الأزهر 2. الأزهر: انصراف الطيب من حفل التنصيب جاء حرصا على كرامة العلماء 3. غداً.. يرأس الإمام الأكبر أول اجتماع ل « هيئة كبار العلماء»