قام محامو المركز المصرى للحقوق الاقتصادية والاجتماعية الاثنين بإيداع صحيفتى طعن أمام المحكمة الدستورية العليا - برقمى 190و191 لسنة 33 قضائية دستورية - وذلك طعناً على عدم دستورية المادة 48 من قانون القضاء العسكرى رقم 25 لسنة 1966 . وتنص هذه المادة على: "السلطات القضائية العسكرية هى وحدها التى تقرر ما إذا كان الجرم داخلاً في اختصاصها أم لا" لمخالفتها لنصوص المواد 167، 183 من دستور 1971 والمواد 1 فقرة 1، 3، 7، 20، 21 فقرة 1، 46 ، 50، 51 من الإعلان الدستورى الصادر فى 30 مارس سنة 2011".
وتعود وقائع الأحداث إلى قيام الشرطة العسكرية أثناء الثورة وبعدها بإلقاء القبض على الآف المدنيين وإحالتهم للنيابة العسكرية للتحقيق معهم، والتى قامت بدورها بإحالتهم للمحاكمة أمام القضاء العسكرى .
ورداً على مطالبات القوى الحقوقية والسياسية بعدم جواز محاكمة المدنيين أمام القضاء العسكرى الإ فى حالات محددة على سبيل الحصر ولا يجوز التوسع فيها على هذا النحو استندت النيابة العسكرية فى قرار الإحالة ومن بعدها المحكمة العسكرية فى حيثيات الحكم إلى أن المادة 48 من قانون القضاء العسكرى تمنح القضاء العسكرى وحده حق تقرير الجرم الذى يدخل فى اختصاصها من عدمه، واستكملت محاكمة المدنيين أمامها وكان منها القضيتين 147، 244 لسنة 2011جنايات عسكرية شرق، وكان سند محاكمة المتهمين أمامها هذه المادة.
وأقام محامو المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية طعنين أمام مجلس الدولة المصرى حمل الأول رقم 35558 والثانى 33151 لسنة 65 قضائية، وأثناء نظر الطعنيين دفع محامو المركز بعدم دستورية المادة 48 لأنها تخالف النصوص والمبادىء الدستورية التى تؤكد على أن القانون هو الذى ينشأ الهيئات القضائية ويحدد اختصاصاتها ولا يجوز للمشرع أن يمنح هذا الحق لأي جهة أخرى، ولما ترأى لمحكمة القضاء الإدارى بمجلس الدولة جدية الدفع صرحت لنا باتخاذ اجراءات الطعن أمام المحكمة الدستورية العليا على أن نقدم شهادة بذلك يوم 29 نوفمبر 2011.