أودع محامو المركز المصري للحقوق الاقتصادية والاجتماعية صحيفتي طعن أمام المحكمة الدستورية العليا برقمي 191 ، 190 لسنة 33 قضائية دستورية وذلك طعنًا علي عدم دستورية المادة 48 من قانون القضاء العسكري رقم 25 لسنة 1966، التي تنص علي أن «السلطات القضائية العسكرية هي وحدها التي تقرر ما إذا كان الجرم داخلاً في اختصاصها أم لا» لمخالفتها لنصوص المواد 167، 183 من دستور 1971، والمواد فقرة 1، 3، 7، 20، 21 فقرة 46، 1، 50، 51 من الإعلان الدستوري الصادر في 30 مارس سنة 2011 . كانت الشرطة العسكرية أثناء الثورة وبعدها قد قامت بإلقاء القبض علي آلاف المدنيين وإحالتهم للنيابة العسكرية للتحقيق معهم، والتي قامت بدورها بإحالتهم للمحاكمة أمام القضاء العسكري، واستندت النيابة العسكرية في قرار الإحالة ومن بعدها المحكمة العسكرية إلي أن المادة 48 من قانون القضاء العسكري تمنح القضاء العسكري وحده حق تقرير الجرم الذي يدخل في اختصاصها من عدمه، واستكملت محاكمة المدنيين أمامها وكان منها القضيتان 147، 244 لسنة 2011 جنايات عسكرية شرق، وكان سند محاكمة المتهمين أمامها هذه المادة. أقام محامو المركز طعنين أمام مجلس الدولة المصري حمل الأول رقم 35558 والثاني 33151 لسنة 65 قضائية، وأثناء نظر الطعنين دفع محامو المركز بعدم دستورية المادة 48 لأنها تخالف النصوص والمبادئ الدستورية التي تؤكد أن القانون هو الذي ينشئ الهيئات القضائية ويحدد اختصاصاتها ولا يجوز للمشرع أن يمنح هذا الحق لأي جهة أخري ولما ترأي لمحكمة القضاء الإداري بمجلس الدولة جدية الدفع صرحت باتخاذ إجراءات الطعن أمام المحكمة الدستورية العليا، وحسب تقدير المركز فإن المحاكم العسكرية حتي 12/11/2011 بخضع للمحاكمة أمامها 11879 مدنياً. وأكد المركز أن نص المادة 48 من قانون القضاء العسكري رقم 25 لسنة 1966 تشكل انتقاصًا من النظام الديمقراطي للدولة من حيث قيامها علي أساس المواطنة، وانتهاكًا لمبدأ أن الشعب هو مصدر السلطات، وهي أيضًا تمثل إخلالاً بمبدأ مساواة المواطنين أمام القانون، معطلة مبدأ خضوع الدولة للقانون، ومعوقة لحق التقاضي، وموهنة من استقلال السلطة القضائية، ومعتدية علي السلطة التشريعية المفوضة من الدستور بتحديد اختصاصات الهيئات القضائية.