قال الدكتور يوسف زيدان، المفكر، إن ما وصل له من قناعة جاء في منتصف التسعينات، وإنه كتب في جريدة الأهرام حينها "المواجهة الثقافية مع إسرائيل"، لأنه انزعج حينها من فكرة عدم التطبيع، موضحا أنه طرح إعادة النظر في علاقتنا باليهود وإسرائيل، وانه لا يوجد فرق كبير بين الاثنين. واكد في حواره ببرنامج "ممكن"، الذي يقدمه الإعلامي خيري رمضان، على شاشة سي بي سي، أن إسرائيل قامت على أساس ديني، ونشطت قيام دول على أساس ديني، وانه يبدأ من نقد الكيان اليهودي الإسرائيلي، وكان من يرد عليه يثير مشاعر الناس فقط، مشيرا إلى أن مشاعر الناس يعمل عليها في الأدب والتصوف والحب والضمير والقيم الكبرى. وتابع زيدان أن :"البعض يأكل عيش من الهجوم علي ما أقوله، وهم كلما رأوا ظاهرة في مصر يحاولون هدمها، وصراحة، أرى أن هؤلاء ليسوا من جوي، ولا يعلمون عن ماذا يتحدثون، فمثلا عندما تحدث المفتي السابق علي جمعة رد على ضوء انتمائه الأزهري، وأفهم نظام تفكيره، ولديه منزع صوفي، ولكن من يهللون بلا مبدأ، وأنا أقمت موقع في التسعينيات لخدمة الباحثين في التراث وقلت إني قمت به بمنطق السبيل، وحاولت اليونسكو دعم الموقع فرفضت، وطلبوا مني عمل موقع اخر، وقمت بعمل موقع عن مدن الإسلام، وكتبت عن القدس وغيرها". واستكمل المفكر أن :"القداسة فعل تبجيل مفرط، وهي تنبع من الجماعة وليس من الأشياء، يعني المكان الموجود الآن في القدس منذ 1200 سنة مقدس عند المسلمين، أي يبجله الناس، مثل كنيسة القيامة، التي هي مقدسة لدى المسلمين، ولن لا تعني عند المسلمين شيئا، ومن هذا المعنى وبعد ضبط هذه المفردة أقول إن المسجد الأقصى مقدس، ووجهة نظري تتطور مع الزمن، وحينها كنت متبني أننا أمة تجهل ذاتها، والاستشراق كان يدرسنا ويعلم عنا أكثر مما نعلم، ومنذ التسعينات وحتى الآن قمت بمراجعة أفكاري فيما يتعلق بموقع المسجد الأقصى". واستطرد يوسف زيدان أن :"القضية التي نحن بصددها الآن لها جانب شرعي وآخر تاريخي وجانب سياسي، وما قلته من أن تسمية بيت المقدس هي جريٌ على التسمية العبرية القديمة بيت همقداش، وكلمة القدس لم ترد في التاريخ الإسلامي طوال أول قرنين من ظهور الإسلام". ووجه قوله للشيخ علي جمعة، :"هناك أكثر من لفظ يُقصد به معنى التوبة، وأنا أول شخص طالبت بضبط اللغة العربية، وكلمة يعرج، فهناك فرقا بين العروج والعرج، والأولى هي ارتفاع قولا واحدا أي يرتقي، والشيخ علي جمعة استند لناسا، وهذه من نتائج أينشتاين، وهي أنه لا يوجد في الفضاء خطوط مستقيمة". وأشار إلى أن :"القدس سميت بأسماء مختلفة، وفي مرحلة من تاريخها كانت يهودية، وهذه المدينة مقدسة لدى الثلاث ديانات، ولا يجب أن نفكر أنها مقدسة لنا فقط، وأنا لا أدافع عن إسرائيل، وأراها عدو عاقل، واليهود يحفرون أسفل المسجد للبحث عن معبد سليمان، وهم ينظرون لها منذ 2000 سنة، ونحن لدينا 144 ألف متر مربع، فلماذا لا يبنون معبد، وتبقى القدس مثل مجمع أديان، فلماذا يكون موت مجاني بهذا الشكل". وصرح بأن :"في أصول الدين قواعد الاستدلال معروفة، ولماذا لا نذهب للأحاديث إن كان القرآن حاسم للأمور ؟!، ولا يجب أن نجعل الأصل الثاني هو الأول خاصة وأننا في زمن فتن، والأحاديث فيها ما فيها، والشيخ علي جمعة يرى أن ترتيب الأيات مستحيل معرفته، ونحن نعلم أن هناك مرحلة مكية أغلبها تفكر في خلق الله واستحضار لقصص الأنبياء، وفي المدينة تشريعات، وبعض السور بدأت في مكة واستكملت في المدينة، وكل سورة في القرآن موضح بها متى نزلت، وهناك خلاف بسيط بين من عملوا في علوم القرآن وهم قليلين، والإسراء لا شك فيه لأنه ورد بنصوص صريحة في القرآن أما المعراج فليس له آيات بينة". وألمح إلى أن :"ابن الصلاح وابن النفيس يقولون (وأما الأخبار التي بين أيدينا الآن نتبع فيها غالب الظن وليس العلم المحقق)، ولو أخذنا بالأحاديث حول الصلاة فهي متضاربة، مثل أن النبي صلى بالأنبياء قبل عروجه، إذن الصلاة فرضت في المعراج، وقالوا إن سيدنا موسى طلب من سيدنا محمد التخفيف عن الأمة في الصلاة، وكأن الأمر تفاوضي، ولكن حسمت الصلاة خمسة، والإسراء والمعراج إن كان حدث حقيقة فحدثا في الزمن المكي، والصلاة أخذت شكلها في الزمن المدني، فلماذا لم تطبق الصلاة في الزمن المكي !". وصرح المفكر بأن :"الشكل النهائي لصلاة تم وضعه في يثرب بالمدينةالمنورة، ولو كانت فرضت قبل الهجرة فلماذا الإنتظار، كما أن المسجد الأقصى لم يحدد مكانا بعينه، وذلك بحسب القرآن نفسه، الذي لم يحدد مكان المسجد، والقدس حينها كان مقلب زبالة بعد تدمير الرومان للمدينة".