أثار قرار النيابة العسكرية باستمرار حبس المدون والناشط علاء عبد الفتاح 15 يوماً على ذمة التحقيقات ردود أفعال كثيرة من قِبَل ناشطي المجتمع المدني كونهم يرون ذلك متعارضاً مع أهداف ثورة الخامس والعشرين من يناير التي كانت تنادي بالحرية والعدالة الاجتماعية، والتي وعد المجلس العسكري بإنهاء تلك التحقيقات والمحاكمات العسكرية. الحرية لعلاء ولد علاء عبد الفتاح سيف الاسلام في الثامن عشر من نوفمبر عام 1981، وهو ابن أحمد سيف الإسلام مدير مركز هشام مبارك لحقوق الإنسان، وهو مدون ومبرمج وناشط حقوقي مصري، ومؤسس مدونة "منال وعلاء" بالاشتراك مع زوجته المدونة منال حسن. كان عبد الفتاح ومن قبل قيام الثورة بخمسة أعوام يناضل ويكافح من أجل الحصول على الحرية والعدالة الاجتماعية، وفي يوم الأحد 7 مايو عام 2006، قام بوقفة احتجاجية سلمية من أجل استقلال القضاء المصري، ولكنه اعتقل مع 10 آخرين من المدونين وعدد من الناشطين السياسيين، مما أدى إلى اندلاع احتجاجات داخل وخارج مصر، وتأسست مدونة جديدة عنوانها "الحرية لعلاء" ، خصصت للمطالبة بإطلاق سراحه. وقد أطلق سراحه بعد أن قضى في السجن 45 يوماً، وفي ذات اليوم الذي خرج فيه إلى النور صرح هو وزوجته بكل جرأة أنهما لن يتراجعا ولو لحظة واحدة عن الاستمرار في الأنشطة السياسية. وظل علاء يبحث عن عدة طرق وأساليب لتحدي نظام مبارك وتقويض دعائمه، وكتب أفكاراً عديدة لمحاولة الخروج بحلول جذرية للقضاء على هذا النظام، وبعدها اختار أن يسافر إلى جنوب إفريقيا ليعمل في برمجة نظم لترجمة اللغات الإفريقية المعقدة واستمر هناك إلى أن قامت ثورة الخامس والعشرون من يناير وعاد هو و زوجته إلى أرض مصر. وشارك المدون في موقعة الجمل وبشخصيته واندفاعه كان في الصفوف الأولى وظل يتواجد في العديد من الندوات والمبادرات، وفي وقت الاستفتاء كان من اليساريين القلائل الذين اختاروا "نعم" لاقتناعه بضرورة سرعة إنهاء الحكم العسكري وكتب عدة مدونات خاصة بذلك الشأن. إلا أنه في يوم الثلاثين من أكتوبر عام 2011، قررت النيابة العسكرية في مدينة نصر حبسه على ذمة التحقيق لمدة خمسة عشر يوماً، على خلفية اتهامه بالتحريض والاشتراك في التعدي على أفراد القوات المسلحة وإتلاف معدات تخص القوات المسلحة والتظاهر والتجمهر وتكدير الأمن والسلم العام في أحداث ماسبيرو، والتي أسفرت عن مقتل أكثر من 25 قبطياً بعد الاشتباك مع قوات الجيش، وبعد ذلك رفض الاعتراف بشرعية المحاكمة العسكرية له كمدني، ورفض الإجابة على أسئلة النيابة العسكرية له. مطالبات متكررة ناشد الدكتور محمد سليم العوا - المرشح المحتمل لرئاسة الجمهورية - المشير محمد حسين طنطاوي القائد العام رئيس المجلس الأعلى للقوات المسلحة إصدار أوامره بالإفراج عنه، كما ناشد رجال القانون وجمعيات حقوق الإنسان بالوقوف بجانب حقه في الإحالة لقاضيه الطبيعي. كما عبر أيمن نور رئيس حزب الغد عن أسفه الشديد لحبسه وإحالته إلى المحاكمة العسكرية رافضاً ذلك الموقف، وأشاد برفض علاء في الإدلاء بأقواله أمام النيابة العسكرية وامتناعه عن الإجابة على أسئلتها لأنه لا لم ير في المحقق العسكري ظلاً للحياد أو الاستقلال. في حين صور عبد المنعم أو الفتوح المرشح المحتمل للرئاسة هذا الأمر بأنه انتكاسة كبيرة للثورة المصرية، ورأى ضرورة الإفراج عنه، وإنهاء إحالة المدنيين إلى المحاكمات العسكرية. أما الإعلامي محمود سعد فقد أكد رفضه لموقف القضاء العسكري من حبس المدون والناشط السياسي 15 يوماً على ذمة التحقيق وأعرب عن رغبته في ضرورة الإسراع بإصدار أوامر لعدم إحالة المدنيين إلى المحاكمات العسكرية وعبر عن ذلك من خلال المشاركة في المظاهرات التي خرجت تنادي بالإفراج عنه. وأيضاً أعلنت منظمة العفو الدولية، رفضها لإحالته إلى القضاء العسكري واتهمت الأمن بأنه "كان جزءً من العنف" الذي وقع أثناء الاشتباكات مع متظاهرين أقباط في التاسع من أكتوبر وأوقع 25 قتيلاً معظمهم من الأقباط، حيث أقر نائب مدير إدارة الشرق الأوسط وشمال أفريقيا في منظمة العفو الدولية فيليب لوثر بذلك، مضيفاً أن "هذا غير مقبول بالمرة ويثير تساؤلات جدية حول استقلال وحياد التحقيقات". وعلى صعيد آخر نظم آلاف النشطاء مسيرة احتجاجية من ميدان طلعت حرب مساء أمس للتضامن مع علاء، والمطالبة بوقف المحاكمات العسكرية للمدنيين، ودعت المواطنين إلى النزول للشارع مرة أخرى لتحقيق عدة مطالب من أهمها عدم استخدام القوة في مواجهة التظاهرات.