أكدت دراسة حديثة لوزارة البيئة أن مشروع ربط قناة البحرين الإسرائيلية سيؤدى إلى نقص حوالى 2 مليار متر مكعب من مياه خليج العقبة والتى سوف تتدفق إلى البحر الميت وبالتالى سيؤدى إلى انقراض الكائنات الحية. كما يخشى مراقبون من أن يكون لإسرائيل أهداف خفية تتمثل فى إيجاد بديل لقناة السويس الذى قد يستعمل عربيًّا من وجهة نظر إسرائيل ضد مصالحها فى المنطقة، وهو ما سيؤثر بدوره على أعداد السفن فى القناة، وبالتالى إيراداتها كما يشيرون إلى آثار سلبية متوقعة على الأمن القومى المصرى؛ حيث سيؤدى تعمير المنقطة إلى استيعاب المزيد من المهاجرين اليهود يبلغ عددهم قرابة 2 مليون مهاجر، خاصة وأن قناة البحرين سوف تمر فى أرض قرية أم الرشراش وهى أرض مصرية لا تزال إسرائيل تسيطر عليها. وكان د. محمود أبو زيد وزير الرى والموارد المائية السابق قد أكد فى عدة تصريحات أن المشروع ليس له أى آثار سلبية سواء على البيئة أو السياحة أو الملاحة. كما أكدت الخارجية المصرية فى وقت سابق أن القانون الدولى يعطى مصر حق الاعتراض على المشروع فى حال أنه يمثل أضرارا بيئية عليها، وأن مصر تضع كافة الاحتمالات والتأثيرات السلبية للمشروع فى الاعتبار، وأنه فى حالة دخوله حيز التنفيذ وتمويله من البنك الدولى فسوف تتصدى له الحكومة، غير أن الخارجية لم توضح طبيعة هذا التصدى.