كشف الجهاز المركزى للمحاسبات فى تقريره رقم 53 العديد من المخالفات التى شابت فحص وتحصيل بعض الرسوم الدراسية من الطلاب حيث تبين للجهاز لدى مراجعة بعض التسويات النقدية الخاصة بتحصيل الرسوم الدراسية من الطلاب عن العام الدراسى 2008: 2009و وجود بعض المخالفات التى شابت أعمال التحصيل حيث تبين عدم تحصيل بعض الرسوم الدراسية من طلاب كلية الطب البشرى والتى يرجع تاريخ البعض منها إلى العام الدراسى 2006_2007 والبالغ ما أمكن حصره منها 103041 جنيها مما ترتب عليه حرمان إيرادات بعض الصناديق الخاصة من جانبها مهما كانت مواردها حيث أظهر الفحص وطبقا لما ورد من البيانات المقدمة من من إدارة شئون الطلاب بكلية الطب عدم سداد بعض الطلاب للرسوم الدراسية والتى يرجع تاريخ البعض منها للعام الدراسى 2006/_2007 كما قامت الجامعة بفرض رسوم على طلاب الشهادات المعادلة مما ترتب عليه تحصيل مبالغ دون وجه حق بلغ ما أمكن حصره منها 71000 جنيها وذلك بالمخالفة لأحكام المادة رقم 271 من اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات رقم 49 لسنة 1972 وتعديلاته حيث تقضى أحكام المادة 271 من اللائحة التنفيذية لقانون تنظيم الجامعات بشأن الرسوم الدراسية على الطلاب المصريين بأن يؤدى الطلاب الرسوم الدراسية سنويا وتخصص حصيلة كل رسم للخدمات التى يؤدى عنها وقد تبين لدى مراجعة بعض التسويات النقدية الخاصةبتحصيل الرسوم الدراسية من الطلاب عن العام الجامعى 2008_/2009 بقيام كلية الطب البشرى بتحصيل رسم قيد من الطلاب المرشحين للقبول بالكلية"2000"جنيه لمرة واحدة من الطلاب الحاصلين على الشهادات المعادلة من الدول العربية والأجنبية والدبلومة الأمريكية لصالح صندوق الخدمات التعليمية وذلك بناءً على قرار السيد الأستاذ الدكتور رئيس الجامعة مما ترتب عليه تحصيل مبالغ جملتها 71000جنيه وذلك طبقا للبيان المقدم من إدارة شئون الطلاب بالكلية ويقتضى الأمر اتخاذ الإجراءات اللازمة لتحصيل الرسوم الدراسية غير المستحقة مع الإفادة بما يؤيد تحصيل تلك الرسوم مع مراعاه الالتزام بتطبيق أحكام المادة رقم 271 من اللائحةالتنفيذية لقانون تنظيم الجامعات مع إيقاف تحصيل أى مبالغ تخالف ذلك.