كشف تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات عن وجود مخالفان مالية بجامعة طنطا خلال شهر فبراير 2010تحت رقم 87 في 14/3/2010عن العام المالي 2008 /2009 أكد التقرير حرمان صندوق الخدمات الطبية من 489 ألف و198جنيها وصرف 542 ألف و92جنيها مكافآت بالمخالفة وفر ض رسوم على الطلاب بدون سند من القانون. فقد تبين للجهاز المركزي للمحاسبات عدم متابعة تحصيل الرسوم الدراسية من بعض الطلاب بالجامعة مما أدى إلى حرمان صندوق الخدمات الطبية من جانب إيراداته بمبلغ 126ألف و220جنيها تمثل قيمة رسوم الخدمات الطبية المستحقة طرف هؤلاء الطلاب، وحرمان صندوق الخدمة الطبية من 361 ألف و978جنيه ومطالبة حساب الخزانة العامة في مشروع العلاج بالأجر بتسديدها لصندوق الخدمات الطبية بالجامعة مع حصر الحالات المماثلة ليصبح ما أمكن حصره من مخالفات مالية بشأن صندوق الخدمات الطبية 489الف و198جنيه. كما كشف التقرير عن قيام الجامعة باستحداث رسوم بدون سند من القانون وصرف جانب منها مكافآت تحت مسمى تفعيل دور إدارة الشئون الطبية بالجامعة بالرغم من وجود صندوق للخدمة الطبية بالجامعة منذ 25 عاما بالمخالفة لأحكام القانون رقم 49 لسنة 1972 وتحصيل 20جنيه من الطلبة ضمن الرسوم الدراسية من جميع الفرق الدراسية. فقد تبين من الفحص صرف 542 ألف و97جنيها من صندوق الخدمة الطبية حتى العام الحالي 2010 فى حين تم تجميل الموازنة العامة للدولة 58.438جنيها قيمة علاج الطلبة خلال العام 2008/2009. وأكد التقرير أن إنشاء الإدارة الطبية والموافقة عليها في 28/4/2009وفرض رسوم بدون سند من القانون لتدعيمها ماليا وصرف مكافآت للعاملين بالإدارة بالرغم من أن جميع العاملين وموظفي الجامعة لا يقومون بأي أعمال أخرى سوى العمل بالخدمة الطبية ويتقاضون مرتباتهم من الموازنة العامة ،ولم يترتب على ذلك أي جديد في مجال تقديم الخدمة ،ومن ثم تتضح أن ما قامت به الجامعة بتفعيل دور الإدارة الطبية ،وإقرار صرف مكافآت وتحصيل رسوم من الطلبة بواقع 20جنيه دون مبرر بالرغم من وجود صندوق الخدمة الطبية وتبعية المستشفيات الجامعية للجامعة له لتقديم الخدمات الطبية والعلاجية. ويقتضى الأمر التنبيه إلى إتحاذ الإجراءات اللازمة لإيقاف تحصيل تلك الرسوم وموافاة الجهاز المركزي بما يتم.