رحبت منظمة العفو الدولية بقرار العفو الشامل بخصوص المحتجزين والمحاكمين عسكريا منذ 2011 في أحداث الثورة وفي الوقت نفسة أكدت المنظمة أن هذا ليس كافياً ولا يرقى إلى مستوى ضمان المحاكمة العادلة لنحو 1,100 من المدنيين الآخرين الذين سجنوا عقب محاكمات جائرة أمام محاكم عسكرية – علي قول المنظمة . كما طالبت المنظمة الرئيس مرسي بإتخاذ الإجراءات اللازمة لمحاسبة المسؤولين عن الانتهاكات، كخطوة مهمة للتخلص من إرث الانتهاكات التي خلفها حكم "المجلس الأعلى للقوات المسلحة" وحكم حسني مبارك وراءهما- علي حد وصفهم.
وفي هذا السياق، قالت حسيبة حاج صحراوي، نائبة منظمة العفو بالشرق الأوسط، إن "المساواة أمام القانون تعني أن لجميع المصريين الحق في محاكمة عادلة، بغض النظر عن طبيعة التهم الموجهة إليهم فمن غير الجائز استخدام المحاكم العسكرية لمحاكمة أي مدنيين، ويتعين إعادة محاكمة من سجنوا عقب محاكمات عسكرية أمام القضاء العادي أو الإفراج عنهم."
وأضافت صحراوي أن المنظمة تحث الرئيس مرسي على ضمان إحالة أي مدني حوكم أمام محكمة عسكرية، ولم يشمله العفو الأخير، إلى محكمة مدنية لإعادة محاكمته، أو الإفراج عنه كما طابت مرسي بضرورة وضع خطة شاملة لإصلاح واقع حقوق الإنسان، بحيث تتضمن تفاصيل الخطوات التي ستتخذها السلطات لمكافحة الإفلات من العقاب، وتستجيب لمطالب المصريين المتعلقة بحقوق الإنسان، وبالكرامة والعدالة الاجتماعية.
وحوكم ما يقرب من 12,000 من المدنيين أمام محاكم عسكرية منذ منذ بداية الثورة طبقاً للأرقام الرسمية، بينما حوكم عدد غير معروف من المدنيين أمام محاكم عسكرية في 2012, ووجهت إلى هؤلاء تهم "البلطجة" وحيازة الأسلحة والإضرار بالممتلكات و"خرق حظر التجوال".
ومن المقرر أن تصدر النيابة العامة والنيابة العسكرية قائمة بالمستفيدين من العفو الشامل خلال شهر من صدور القرار، ويتوقع أن تتضمن أشخاصاً أدينوا وآخرين يخضعون للتحقيق أو يحاكمون باستثناء من وجهت إليهم تهمة القتل.
وكان الرئيس مرسي قد شكل لجنة فيما سبق لتفحص قضايا المدنيين الذين حوكموا بصورة جائرة أمام محاكم عسكرية، وأمر بالإفراج عن ما يربو على 700 مدني سجنتهم محاكم من هذا القبيل.