حثت منظمة العفو الدولية الرئيس مرسي على البدء في خطة شاملة - لا إجراءات بالقطعة - لإصلاح واقع حقوق الإنسان في مصر، بحيث تتضمن تفاصيل الخطوات التي ستتخذها السلطات لمكافحة الإفلات من العقاب، وتستجيب لمطالب المصريين المتعلقة بحقوق الإنسان، وبالكرامة والعدالة الاجتماعية. وتمثل منظمة العفو الدولية حركة عالمية لأشخاص يشاركون في حملات من أجل حقوق الإنسان المعترف بها دولياً، وتضم أكثر من 2.8 مليون عضو ومساند في أكثر من 150 بلداً وإقليماً. ورحبت منظمة العفو الدولية - في بيان اطلعت عليه أصوات مصرية على موقع المنظمة الرسمي - بنبأ قرار العفو الشامل بخصوص المحتجزين وعمن يحاكمون لمشاركتهم في الاحتجاجات منذ الانتفاضة الشعبية في 2011. لكن المنظمة قالت "إن هذا ليس كافياً ولا يرقى إلى مستوى ضمان المحاكمة العادلة لنحو 1,100 من المدنيين الآخرين الذين سجنوا عقب محاكمات جائرة أمام محاكم عسكرية". وحثت المنظمة الرئيس مرسي على اتخاذ الإجراءات اللازمة للضغط من أجل محاسبة المسؤولين عن الانتهاكات، كخطوة مهمة للتخلص من إرث الانتهاكات التي خلفها حكم "المجلس الأعلى للقوات المسلحة" (المجلس العسكري) وحكم حسني مبارك وراءهما. وقد أعلن قرار العفو الشامل في 8 أكتوبر/تشرين الأول، بمناسبة مرور 100 يوم على رئاسة مرسي، وأعفى جميع من احتجزوا أو يخضعون للمحاكمة أمام محاكم مدنية أو عسكرية من أية مسؤولية تترتب على "مناصرة الثورة"، وبصورة رئيسية في الاحتجاجات التي جرت ما بين 25 يناير/كانون الثاني 2011 وتاريخ تسلم الرئيس مرسي مهام منصب الرئاسة، في 30 يونيو/حزيران 202. وقالت منظمة العفو الدولية - التي تعتبر مكافحة الإفلات من العقاب أحد المتطلبات الأساسية لوضع مصر على طريق حقوق الإنسان - إن المحاكم العسكرية حتى الآن لم تحاكم سوى ثلاثة جنود بتهمة "القتل الخطأ" لمحتجين في احداث ماسبيرو، عندما قُتل عشرات من المحتجين الأقباط قبل سنة، أثناء حكم المجلس العسكري. وأضافت أنه لا يحاكم حالياً سوى واحد من منتسبي شرطة مكافحة الشغب بتهم تتصل بقتل وجرح المحتجين، بينما صدرت بحق منتسبين آخرين لقوات الأمن أحكام خفيفة نسبياً لقتلهم محتجين أثناء الانتفاضة الشعبية.