كشفت وثائق الجزيرة أن التنسيق الأمني بين السلطة الفلسطينية والأجهزة الأمنية للاحتلال بلغ مرحلة مُتقدمة من التعاون بهدف توجيه ضربات لمختلف فصائل المقاومة. وقد حدا ذلك بواشنطن وتل أبيب إلى الاعتراف بدور مخابرات السلطة "الرائع" في حين أقرت الأخيرة بقتلها فلسطينيين في سبيل إقامة "سلطة البندقية". ففي لقاء خلال عام 2005 بين وزير الدفاع الإسرائيلي آنذاك شاؤول موفاز ووزير الداخلية الفلسطيني السابق اللواء نصر يوسف، الذي كان مسئولا أمنيا آنذاك، تكشف الوثائق السرية أن السلطة الفلسطينية والحكومة الإسرائيلية ناقشتا سويا اغتيال القيادي في كتائب شهداء الأقصى -الذراع العسكرية لحركة التحرير الوطني الفلسطيني (فتح)- حسن المدهون بغزة. وبعد ذلك بأسابيع، وفي الأول من شهر نوفمبر 2005، استهدفت الطائرات الإسرائيلية بصواريخها حسن المدهون، والمسئول العسكري في كتائب عز الدين القسام -الذراع العسكرية لحركة المقاومة الإسلامية (حماس)- فوزي أبو القرع، مما أدى إلى استشهادهما. ولقي التعاون الاستخباري بين الطرفين، الفلسطيني والإسرائيلي، إشادة كبيرة من المسئولين الأمريكيين والإسرائيليين، كما تثبت الوثائق. كما تكشف الوثائق عن خطتين استخباريتين بريطانيتين تدعو إحداهما لاعتقال قيادات حركتي حماس والجهاد الإسلامي، وثانيتهما لإعداد غرفة عمليات مشتركة متصلة بإسرائيل بهدف الحد من العمليات الاستشهادية. وإضافة إلى التنسيق الأمني بين الطرفين الفلسطيني والإسرائيلي، تكشف الوثائق السرية -التي حصلت عليها الجزيرة- أن السلطة الفلسطينية، رغم إلحاحها على الحصول على الأسلحة لمواجهة المقاومة، قبلت مع ذلك بدولة منزوعة السلاح في نهاية المطاف. وتأكيدا من السلطة على تعاونها والتزامها بتنفيذ التعهدات الأمنية تجاه الطرف الإسرائيلي، قدمت لتل أبيب وثيقة سرية حصلت عليها الجزيرة معنونة ب"النجاحات الأمنية للسلطة الوطنية".