يعد القضاء العسكري أحد الأدوات التي يستخدمها الانقلاب العسكري لقمع الأحرار في مصر، ففي 29 مايو 2016 قضى العقيد خالد شومان 8 أبرياء في القضية 174 عسكرية بينهم 6 متهمين بانتظار تنفيذ حكم الإعدام. وحسب تقرير بثته قناة "وطن"، المتهمون الستة هم أحمد أمين الغزالي عمره 26 سنة حاصل على ليسانس دار علوم، وعبدالبصير عبدالرxوف عمره 20 سنة طالب هندسة بالأكاديمية البحرية، ومحمود الشريف عمره 29 سنة، مهندس وأحمد مصطفى على، يبلغ من العمر 41 سنة يعمل بالأعمال الحرة، ورضا معتمد، 37 سنة كيميائي، ومحمد فوزي 23 سنة مهندس. تم القبض على المتهمين عشوائيًا في 2015 دون دليل إدانة أو علاقة تجمعهم وتعرضوا للاخفاء القسري لمدة تتراوح من 21 إلى 44 يوما وتعرضوا للتعذيب الشديد ورفضت المحكمة إثبات تعرضهم للتعذيب والإخفاء القسري ورفض طبيب السجن استقبالهم بسبب آثار التعذيب على أجسادهم. ولا توجد أي أحراز بالقضية أو حالة تلبس واحدة والتهم مبنية على "النية"، وأعدمت سلطات الانقلاب العسكري 25 من رافضي الانقلاب في قضايا عسكرية منذ انقلاب 3 يوليو 2013.