دون جامعات الجمهورية، اختارت داخلية الانقلاب أن تبدأ اضطهادها للحركة الطلابية بجامعة الزقازيق، في تحرك يهدف إلى تثبيط أي عمل طلابي متوقع، حيث قامت قوات الأمن باعتقال نحو 84 طالبًا عشوائيًا من داخل جامعة الزقازيق وفي محيطها، واقتادتهم إلى معسكر قوات الأمن المركزي القريب من مبنى الجامعة. وقامت إدارة المعسكر بالكشف عن هوياتهم، وأطلقت سراح بعض الطلاب، بينما يقبع آخرون رهن التحقيق الآن داخل المعسكر. هذا فضلا عن حملة اعتقالات متصلة تستهدف طلاب الجامعة بالشرقية، واختطفت مليشيات الانقلاب، صباح اليوم الثلاثاء، 5 مواطنين بينهم: الدكتور محمد قنديل، أستاذ التاريخ الإسلامى والحضارة الإسلامية بجامعة الزقازيق وأستاذ الدراسات التركية بمعهد البحوث الآسيوية من داخل منزله، فضلا عن الطالب عبد الله عبد السميع بكلية الآداب. وحتى أكتوبر 2014، بلغ عدد الطلاب المعتقلين من جامعة الزقازيق 78 طالبا، تضاعف هذا العدد مع نهاية 2015، ليصل إلى 140 طالبا معتقلا من طلاب الجامعة، فضلا عن الطلاب المطاردين والفارين خارج البلاد، وحتى أكتوبر أيضا من 2014 وصل عدد الشهداء من طلاب جامعة الزقازيق وحدها إلى 9 طلاب، فضلا عن الطلاب الذين صدر بحقهم أحكام إعدام. فضل الرئيس وفي يونيو 2015، قرر رئيس جامعة الزقازيق السابق أشرف الشيحي، فصل الرئيس محمد مرسى نهائيا من الجامعة، كعضو من أعضاء هيئة التدريس بكلية الهندسة بالزقازيق؛ بحجة الأحكام الجنائية الصادرة بحقه. وحصل الرئيس مرسي على بكالوريوس الهندسة من جامعة القاهرة عام 1975 بتقدير امتياز مع مرتبة الشرف، وبعدها حصل على ماجستير في هندسة الفلزات بذات الجامعة عام 1978، ثم حصل على منحة دراسية من بروفيسور كروجر من جامعة جنوب كاليفورنيا لتفوقه الدراسي، وعلى الدكتوراه في الهندسة من جامعة جنوب كاليفورنيا 1982. وعمل مرسي معيدًا ومدرسًا مساعدًا بكلية الهندسة بجامعة القاهرة، ومدرسا مساعدا بجامعة جنوب كاليفورنيا، ثم أصبح أستاذ ورئيس قسم هندسة المواد بكلية الهندسة جامعة الزقازيق من العام 1985 وحتى العام 2010، كما انتخب عضوًا بنادي هيئة التدريس بجامعة الزقازيق. فصل الإخوان وكانت جامعة الزقازيق قد أصدرت قرارات سابقة بالفصل النهائي لكل من الدكتور محمود غزلان، القائم بأعمال المرشد العام لجماعة الإخوان، والدكتور محمد الجوادي الأستاذين بكلية الطب من عملهما، وذلك بدعوى تغيبهما عن العمل منذ يونيه 2013، دون تقديم أي أعذار أو طلب إجازات. وكذلك فصل الشيحي الدكتور محمود عزت، الأستاذ بكلية الطب بجامعة الزقازيق. أحمد فهمي في سياق متصل، قام الشيحي بتشكيل لجان بجميع الكليات لمراجعة الرسائل العلمية، ولجان الإشراف عليها، للتأكد من خلوها من الأساتذة المنتمين للإخوان، أو المتعاطفين معهم، وعزلهم من تلك اللجان في حالة اشتراكهم فيها، بزعم الحرص على مصلحة الطلاب والدارسين الأكاديميين. وتقدم الدكتور أحمد فهمى، رئيس مجلس الشورى السابق، بطلب لجامعة الزقازيق للعودة للتدريس في كلية الصيدلة، حيث كان يعمل بها سابقا، إلا أن طلبه قوبل بالرفض من إدارة الجامعة التي زعمت أنها رفضت الطلب؛ خوفا من تحول المحاضرات لتراشق سياسي، أو استخدامها كمنبر لجماعة الإخوان. وقال رئيس الجامعة- في مداخلة مع إحدى الفضائيات- إنه تلقى اتصالا هاتفيا من الدكتور أحمد فهمى يطلب منه السماح له بإلقاء المحاضرات للطلاب، إلا أنه رد عليه قائلا: "ليس لدينا سياسة بالجامعة، ودخولك للتدريس للطلاب سيثير الأزمات، والمشكلات داخل الجامعة"، على حد قوله. تشهير واعتقال وفي قوائم عديدة تبنّتها صحف الانقلاب، شوهت أسماء أعضاء هيئة التدريس بجامعة الزقازيق، منهم د.محمد إبراهيم حسن ورد، بمعهد الكفاية الإنتاجية وعضو نادى هيئة تدريس الزقازيق، ود.أحمد جابر الحاج، أستاذ الأنف والأذن والحنجرة بطب الزقازيق، ود.التهامى أبو زيد، الأستاذ بكلية الهندسة، والمعتقل قبل أسابيع، علاوة على أنها المرة الثانية لاعتقاله. فضلا عن اعتقال الأساتذة: حامد عطية بكلية الطب البيطرى ونائب رئيس الجامعة، ود.السادات إبراهيم علي بكلية الزراعة، ود.محمد عثمان بكلية الطب، ود.سيد عبد النور رئيس نادى أعضاء هيئة تدريس الزقازيق والأستاذ بكلية الزراعة، ود.حسن عبد الشكور، بكلية الطب. وفي فبراير 2016، قضت دائرة الإرهاب بالشرقية، بالسجن المشدد 3 سنوات ل14 من أصل 39 من أساتذة وطلاب جامعة الزقازيق، اتهمم الشيحي وأمن الدولة بإثارة الشغب والتحريض على العنف، وذلك في القضية رقم 8168 لسنة 2014 جنايات قسم ثاني الزقازيق.