أكد تقرير التنسيقية المصرية للحقوق والحريات أن الانتهاكات الحقوقية التي تحدث في مصر على يد الانقلاب العسكري ومؤسساته الأمنية بالجملة، وأنها لا تحدث في أي دولة تحترم رعاياها ومواطنيها ولديها قضاء مستقل، وبها مؤسسات دولية تدعم "القانون". ولخص الباحثون في "التنسيقية المصرية" جرائم الانقلاب العسكري، في 2016، ضمن 11 بندا، أولها (290 حالة قتل)، منها 54 حالة تصفية جسدية، و34 حالة وفاة بالإهمال الطبي، و14 حالة قتل نتيجة التعذيب، و9 حالات قتل خارج مصر، و26 حالة في حادث الكنيسة، وحالة قتل واحدة بالإعدام، وأن من بين القتلى 25 امرأة. تعذيب ممنهج وفيما يتعلق بالتعذيب، كشف التقرير في بنده الثاني عن (830 حالة تعذيب منها 16 فتاة)، و303 حالات إهمال طبي متعمد، و200 حالة تعذيب داخل الأقسام والسجون ومراكز الاحتجاز، و101 حالة تعذيب بمقار أمن الدولة. وفيما يخص الإهمال الطبي المتعمد، أوضح التقرير أن (303) حالات تعذيب بالإهمال الطبي المتعمد [من بينها 22 واقعة تم فيها الجمع بين التعذيب والإهمال الطبي معا]، وهناك 527 واقعة تعذيب بطرق وأساليب متنوعة. وتم رصد 337 واقعة تعذيب في السجون المختلفة بنسبة 47.9%، و159 واقعة تعذيب في مراكز وأقسام الشرطة ومديريات الأمن بنسبة 19.9%، وتم رصد 101 واقعة تعذيب في مقار أمن الدولة بالمحافظات المختلفة بنسبة 12.64%، و35 واقعة تم رصدها بمعسكرات قوات الأمن بنسبة 4.4%، و6 وقائع في المؤسسات العقابية بنسبة 0.75%. إخفاء واعتقال في فترة التقرير (يناير- ديسمبر 2016)، تم رصد نحو 5502 واقعة اعتقال تعسفي، وشهد شهر يناير النسبة الأكبر من حيث وقائع الاعتقال بنحو 1268 حالة، ثم أبريل بنسبة 1106، ثم أغسطس بنحو 515، ثم يوليو بنسبة 420 حالة، ثم سبتمبر بنسبة 419، ثم مايو 336، ثم يونيه 318، ثم فبراير 307، ثم مارس 273 حالة، ثم بقية الشهور. وفيما يتعلق بالإخفاء القسري، رصدت التنسيقية نحو 1713 حالة إخفاء قسري في عام 2016 وحده؛ وقد احتل شهر يناير العدد الأكبر من حيث حالات الإخفاء بواقع 246 حالة، يليه أغسطس بواقع 215 حالة، ثم فبراير 209 حالات، يليه سبتمبر 170 حالة، ثم مارس 154، ثم يوليو 137، يليه أبريل 125، ثم أكتوبر 113، ثم يونيه 106، ثم مايو 95، ثم نوفمبر 89، وأخيرا ديسمبر 50 حالة. واحتلت محافظة الشرقية الترتيب الأول في وقائع الاعتقال بنحو 666 واقعة، ثم القاهرة بعدد 555، ثم القليوبية بنحو 453 واقعة، ثم البحيرة بعدد 444 حالة، ثم المنوفية 350، ثم الغربية بنحو 331 حالة، ثم بقية المحافظات كما بالجدول المرفق. "الشامخ" العسكري كما أصدرت المحاكم العسكرية خلال 2016 أحكاما بالإعدام بحق 60 حالة في 10 قضايا. في الوقت الذي أحيل فيه أكثر من 100 مدني للقضاء العسكري. ووصل عدد المحامين المعتقلين إلى 452 محاميا، ووصلت حالات المنع من السفر خلال 2016 إلى 18 حالة، وفصلت سلطات الانقلاب 6000 موظف بالجهاز الإداري للدولة، علاوة على 72 قاضيا. الانتحار سيد الأدلة في الوقت الذي يصر فيه الانقلاب على المضي قدما في سياساته ببناء 7 سجون جديدة، ليصل عدد السجون إلى 64 سجنا داخل مصر. ودفعت الأحوال المعيشية 85 مصريا إلى الانتحار بينهم 33 امرأة، وبحسب التقرير، يحتل الرجل النسبة الأكبر في حوادث الانتحار بنسبة 61.5% في مقابل 38.09% للإناث، ومن المؤسف أن يحتل الشباب [من 18 حتى ما دون 35 عاما] النسبة الأكبر في حوادث الانتحار بنسبة 34.9%، ثم من في مرحلة النضج والبذل من سن [35 وحتى ما دون 60 عاما] بنسبة 15.87%، ثم الأطفال أقل من 18 عاما بعدد 9 حالات وبنسبة 14.28%، ثم ما فوق 60 عاما بنسبة 1.6%. التقرير البحثي وقسمت "التنسيقية" التقرير إلى بابين رئيسيين؛ الباب الثاني الحقوق الاقتصادية والاجتماعية، والباب الأول باب الحقوق المدنية والسياسية؛ وهي الحقوق التي تتمتع بالحماية والامتيازات الشخصية لجميع المواطنين بموجب القانون؛ ومنها الحق في سلامة الجسد، والحق في الحرية والأمان الشخصي من 6 وجهات (الاعتقال التعسفي، والإخفاء القسري، وإحالة المدنيين إلى المحاكمات العسكرية، والحقوقيين والمحامين، وحالات المنع من السفر، وطلاب الجامعات)، والعدالة، وحقوق المتهم الإجرائية، والحريات الفردية، والحقوق السياسية. وفيما يتعلق بالحرية الفردية، تنقسم إلى ثلاثة محاور: حرية الفكر والتعبير، ومحور حرية التجمع وتكوين الجمعيات، وحرية التنقل. كما خص التقرير الفئات الأكثر ضعفا في المجتمع في تقريره، ليشمل المرأة والطفل وذوي الاحتياجات الخاصة والمهاجرين واللاجئين. ووضع ضمن الباب الثاني "الحقوق الاقتصادية والاجتماعية" 3 أنواع من الانتهاكات، هي الانتحار، والفصل التعسفي، والحقوق العمالية.
