اتهم "مركز النديم لتأهيل ضحايا العنف والتعذيب" وزارة الصحة في حكومة الانقلاب بالعمل كواجهة لوزارتي الداخلية والتضامن الاجتماعي. وقال المركز– في بيان له– "كان الأجدر بوزارة الصحة أن تلتزم بمسؤولياتها، وأن يقتصر تدخلها على مجال عملها، لا أن تقوم بدور واجهة لوزارة الداخلية أو وزارة التضامن الاجتماعي في محاولة إغلاق المركز، فلسنا بغائبين عما يدور في الساحة المصرية من تضييق على حريات البشر عموما، والمجتمع المدني خصوصا، ومنظمات حقوق الإنسان على وجه الخصوص، وكنا نربأ بوزارة الصحة أن تلعب هذا الدور". ونفى المركز ما نشرته وزارة الصحة حول قرار ملابسات إغلاق المركز، مشيرا إلى أنه يعمل كمنظمة مصرية غير حكومية، وقد تأسس في عام 1993 وليس في عام 2004، بإشهار وتوثيق في الشهر العقاري بمحضر توثيق 2668 لسنة 1993، وأن هذا المركز لا يخص وزارة الصحة في شيء. وأشار إلى أنه "طوال 23 عاما، أُخطر المركز وصدَّق في المحكمة على كافة التعديلات التي أُدخلت على العيادة، وأن مقر العيادة مختلف عن المركز، وهو ما ينفي ما نقلته وزارة الصحة من تحويل نشاط العيادة إلى مركزٍ". وأضاف المركز أن الوزارة لم توجه لهم إنذارا على الإطلاق ولم يخطروا بمخالفات، ولم تمنحهم مهلة لتغيير أي شيء، بل إن حضور فريق حي الأزبكية لتشميع المكان بالشمع الأحمر جاء مفاجئًا وأول "تعامل" من قبل الوزارة منذ عام 2004.